参数:-n int:如果reads比对次数超过多少次,就不在XA标签显示。 -r str:定义头文件。‘@RG\tID:foo\tSM:bar’,如果在此步骤不进行头文件定义,在 后续GATK分析中还是需要重新增加头文件。 pair end:bwa sampe -a 500 read1.fq.gz.sai read2.fq.gz.sai read1.fq.gz read2.fq.gz > read.sam 参数:-...
该程序能进行多线程运算,使用如下参数即可: NanoSchedulable (-nct) CPU数。对每个data的运行能使用的CPU数。即对一个数据执行的一个命令进行计算所能用的CPU数。 TreeReducible (-nt) 线程数。将一个总的data分成多少份,然后分别对每个data使用单独的命令进行运算,最大值为24. 最后合并结果可能消耗额外的时间;...
参数:-n int:如果reads比对次数超过多少次,就不在XA标签显示。 -r str:定义头文件。‘@RG\tID:foo\tSM:bar’,如果在此步骤不进行头文件定义,在 后续GATK分析中还是需要重新增加头文件。 pair end:bwa sampe -a 500 read1.fq.gz.sai read2.fq.gz.sai read1.fq.gz read2.fq.gz > read.sam 参数:-...
更多其他参数请参考: http://www.broadinstitute.org/gatk/gatkdocs/org_broadinstitute_sting_gatk_walkers_varianteval_VariantEval.html ### 以上就是GATK整个流程的详细介绍了,我敢保证,如果你是第一次使用GATK,就算按照这个说明一步一步去做,也肯定会遇到很多问题,因为GATK需要注意的细节真的很多,我在这里面还...
参数:-n int:如果reads比对次数超过多少次,就不在XA标签显示。 -r str:定义头文件。‘@RG\tID:foo\tSM:bar’,如果在此步骤不进行头文件定义,在 后续GATK分析中还是需要重新增加头文件。 pair end:bwa sampe -a 500 read1.fq.gz.sai read2.fq.gz.sai read1.fq.gz read2.fq.gz > read.sam ...