以前的GAPIT结果:里面包含包含SNP的Rsquare和不包含SNP的Rsquare,两者相减就是表型解释百分比(PVE)。 新版的GAPIT结果,变化了:只有p.value,maf和effect 其实是可以手动计算的: 具体计算方法,可以参考GWAS Cookbook的12.3章节:MLM模型中计算PVE。 相关阅读: 颜值即正义 | 只知道qqman而不知道cmplot是不专业的 GWAS分...
GAPIT是一款非常老的而且非常流行的软件包,傻瓜式操作,一键出图出结果,一篮子的解决方案,是我最经常使用的GWAS分析软件包。 最近,GAPIT现在的版本是GAPIT3,速度比第二版有较大的提升: 更大的变化,终于有GAPIT这个软件包了,可以用library载入进去,而且安装方式可以用github安装,更符合R-style。 1. GAPIT3官网地址 ...
大家好,我是邓飞。 一个好的问题,可以引起思考,通过查资料回答问题的过程,是加深理解的过程,然后通过输出,就是掌握深化。 星球里面老师提问了一个问题: 集群一般不会是内存的问题,但是报错显示“memory no…
When genotype, heritability, and number of quantitative trait nucleotides (QTNs) are provided without phenotype data, GAPIT3 conducts a phenotype simulation from the genotype data. By default, GAPIT assumes that users would provide quality data and thus does not perform data quality control. When ...
3. 安装报错信息 3.1 Bioconductor 用BioManager 载入需要的程辑包:scatterplot3d 错误: With R version 3.5 or greater, install Bioconductor packages using BiocManager; see style="margin: 0px; padding: 0px; max-width: 100%; box-sizing: border-box !important; word-wrap: break-word !important;"...
这里,GWAS结果中,因为没有effect的se的值,所以无法手动运算,下面我们看一下GEMMA和GCTA的fast-GWA,用同样的数据,进行GWAS分析,并手动计算PVE值,和GAPIT中的MLM模型的PVE值进行对比。 3. GEMMA进行MLM模型的GWAS分析 GEMMA进行GWAS分析,分为两步: 第一步:构建G矩阵 ...
人物简介: 龚丹凤,曾担任江西中贵建设工程有限公司、江西典韵建设工程有限公司等公司股东。 老板履历 图文概览商业履历 任职全景图 投资、任职的关联公司 商业关系图 一图看清商业版图 更新时间:2024-11-15关联企业0 担任法定代表人0 担任股东0 担任高管0 所有任职企业0 作为最终受益人0 所属集团0 历史信息4 ...
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4月18日,沪深两融数据显示,三六零获融资买入额0.25亿元,居两市第335位,当日融资偿还额0.20亿元,净买入483.14万元。 最近三个交易日,16日-18日,三六零分别获融资买入0.24亿元、0.17亿元、0.25亿元。 融券方面,当日融券卖出1.28万股,净买入2.95万股。 本文源自:金融界 作者:智投君特别...
72年10月的鼠。72年10月的鼠的抖音主页、视频、合集以及作品的粉丝量、点赞量。来抖音,记录美好生活!