1. GAPIT软件的基因型数据格式:hmp 「hmp格式:」 2. GAPIT软件的基因型数据格式:Numeric格式 查看GAPIT说明文档时,发现了GAPIT还支持Numeric format,即转化为0-1-2的格式,这样就好处理了,可以使用plink软件的recodeA参数,可以很容易的将plink数据转化为0-1-2的形式。 「基因型文件:」 第一列是ID 第二列以后是...
GAPIT 的简单使用1. 安装2. 使用2.1. 基本应用2.2. Enhanced Compression2.3. 用户输入的 K 矩阵和协变量2.4. 基因组预测2.5. 多基因型文件2.6. Numeric Genotype Format2.7. 多个文件的 Numeric genotype Format2.8. 用部分 SNPs (Fractional SNPs)计算 Kinship 和 PCs2.9. 节省内存2.10. 模型选择2.11. SUPER3....
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使用gapit的五个模型Blink、GLM、MLM、MLMM、FarmCPU，跑出来的结果几乎一致，这是什么原因呢大部分是混合...
在官网上 GAPIT 是一个.txt文件,直接 source 即可: source("http://zzlab.net/GAPIT/gapit_functions.txt") 最后需要 source EMMA 的代码: source("http://zzlab.net/GAPIT/emma.txt") 为了方便,可以直接将这两个文件保存成了.R格式的文件,在往后使用的时候就不用考虑网速等因素的影响了。
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