FUSION使用的较为广泛,还有人用这个软件分析了很多gwas summary数据,做成了数据库twas-hub, 后续在详细介绍这个数据库。 ·end·
将使用PGC精神分裂症的gwas summary数据对GTEx全血数据进行TWAS。 wget https://data.broadinstitute.org/alkesgroup/FUSION/SUM/PGC2.SCZ.sumstats mkdirWEIGHTScdWEIGHTSwget https://data.broadinstitute.org/alkesgroup/FUSION/WGT/GTEx.Whole_Blood.tar.bz2 tar xjfGTEx.Whole_Blood.tar.bz2 输入文件一:GWAS su...
解决方法:conda install scipy 安装Fusion依赖plink2R plink2R有个问题就是plink2R无法在R3.6.1以上的版本中安装,并且此软件也不打算更新,而安装GitHub软件用到的R包devtools只能在R3.6.1以上的版本中运行!!! 之前有人对plink2R进行了改进,使得plink2R可以在R3.6.1以上版本中运行,可以使用下面的方法进行安装: ...
Pipeline for creating SNP-weights for TWAS using FUSION This pipeline is to create SNP-weights that can be used in TWAS using FUSION. I provide a series of R scripts to process the input and output files for the FUSION script called 'FUSION.compute_weights.R'. I also provide all the sof...
Example_phenotype_file.txt LICENSE OP_TWAS_weights_using_fusion.R OP_TWAS_weights_using_fusion.sh OP_fusion_ref_overlap_checker.R OP_packaging_fusion_weights.R README.md slurm-293788.out t.awkBreadcrumbs Calculating-FUSION-TWAS-weights-pipeline / OP_packaging_fusion_weights.RLatest...
FUSION是一款进行TWAS分析的软件,对应的文章发表在nature genetic上,链接如下 https://www./articles/ng.3506 软件的官网如下 http:///projects/fusion/ 该软件同时支持对单个样本和多个样本的gwas cohort中的样本进行基因型填充,对应的流程图如下 首先对reference panel中进行建模,对于每个基因,筛选对应的cis-snp, 即...
FUSION是一款进行TWAS分析的软件,对应的文章发表在nature genetic上,链接如下 https://www.nature.com/articles/ng.3506 软件的官网如下 http://gusevlab.org/projects/fusion/ 该软件同时支持对单个样本和多个样本的gwas cohort中的样本进行基因型填充,对应的流程图如下 ...
使用FUSION进行TWAS分析 FUSION是一款进行TWAS分析的软件,对应的文章发表在nature genetic上,链接如下 https://www.nature.com/articles/ng.3506 软件的官网如下 http://gusevlab.org/projects/fusion/ 该软件同时支持对单个样本和多个样本的gwas cohort中的样本进行基因型填充,对应的...
使用FUSION进行TWAS分析首先对referencepanel中进行建模对于每个基因筛选对应的cissnp即在该基因上下游1mb范围内的snp位点通过不同的模型构建cissnps和对应的gene之间的关系接下来对gwascohort中的样本进行填充如上图中a所示对于单个样本根据其cissnps的基因分析结果预测对应基因的表达量然后与表型性状进行关联分析 使用FUSION...
FUSION是一款进行TWAS分析的软件,对应的文章发表在nature genetic上,链接如下 https://www.nature.com/articles/ng.3506 软件的官网如下 http://gusevlab.org/projects/fusion/ 该软件同时支持对单个样本和多个样本的gwas cohort中的样本进行基因型填充,对应的流程图如下 ...