nextgenusfs/funannotate latest bcde41375f71 7 weeks ago 12.6 GB 3.运行 funannotate-docker 这个时候如果运行 funannotate-docker 会报错,服务器 docker 版本太老了。 (test) [test@login ~]$ funannotate-docker unknown flag: --mount See 'docker run --help'. 解决方法,更改 funannotate-docke...
Funannotate是用于真核基因组注释的重要工具 ，能解析基因结构与功能。它整合多种数据 ，对真核生物基因组开展全面且精准的注释工作。Funannotate可识别基因组中的编码基因 ，助力确定基因的位置。该工具能对非编码RNA进行注释 ，了解其在调控中的潜在作用。能预测基因的启动子区域 ，明确转录起始的关键位点。可分析基因...
Funannotate在蛋白质注释方面主要采用同源比对和结构域预测的方法。它会利用一系列已知蛋白质数据库,如Swiss-Prot和TrEMBL等,通过比对待注释序列,来识别相似的蛋白质序列,并从中获取蛋白质的功能信息。它也会预测蛋白质的结构域和功能模块,包括信号肽、跨膜结构等,从而为蛋白质的功能注释提供更多的信息。 3. 转录本...
# 可能需要花一些时间,数据集太多funannotate setup -d funannotate_db --install all 配置环境变量, 在激活funannotate环境的同时,启用这部分环境变量,方法参考 #在conda环境下,进行如下配置,即可在激活环境的同时,激活这些环境变脸变量cat /home/user222/miniconda3/envs/funannotate/etc/conda/activate.d/env_vars....
funannotate is a pipeline for genome annotation (built specifically for fungi, but will also work with higher eukaryotes). Installation, usage, and more information can be found athttp://funannotate.readthedocs.io Quickest start Docker: You can use docker to runfunannotate. Caveats are that GeneMar...
except for a different input file previously. If you look at my installation, you will see that gmap is not installed. I have not been able to install it into the current anaconda environment despite numerous attempts; nevertheless, funannotate ran just fine until today, generating meaningful ...
下面是使用funannotate和Singularity进行基因组注释的一般步骤: 1. 安装Singularity:首先,确保已经安装了Singularity。你可以从官方网站或软件包管理器(如apt、yum)中获取并安装它。 2. 创建Singularity镜像:使用Singularity创建一个包含funannotate和其依赖项的镜像。你可以使用Singularity的命令行工具来完成这一步骤。下面是一...
funannotate setup -i all Due to licensing restrictions, if you want to use GeneMark-ES/ET, you will need to install manually: download and follow directions at http://topaz.gatech.edu/GeneMark/license_download.cgi ** note you will likely need to change shebang line for all perl scripts: ...
软件名称Funnote-CAIQ:基于Funannotate、InterProScan和EggNOG-mapper的真菌基因组注释软件 软件简称Funnote-CAIQ版本号V1.0 登记号2023SR0127268分类号- 著作权人中国检验检疫科学研究院(国家食品安全危害分析与关键控制点应用研究中心)首次发表日期- 登记日期2023-01-20 ...
[Jun 14 08:11 PM]: Mapping 557,291 proteins to genome using diamond and exonerate Traceback (most recent call last): File "/usr/local/lib/python3.8/site-packages/funannotate/aux_scripts/funannotate-p2g.py", line 252, in <module> os.makedirs(tmpdir) File "/usr/local/lib/python3.8/os....