当然log2之后的tpm也可以用于后续的各种分析,你去pubmed搜一下就知道,大把文章用的都是log2(tpm+1)这种,当然你用log后的tpm做差异分析(limma包)也是可以的(不推荐),可以多看看文献~ fpkm现在都不推荐使用了! 新版TCGA系列推文 1.新版TCGA数据库学习:批量下载数据 2.新版TCGA数据库学习:表达矩阵提取(mRNA/lnc...
因为RPK是一个对基因长度进行校正后的表达量单位,所以RPK之和也不会再带入基因长度的bias。因此,如果需要比较的样本之间转录本分布不一致时(例如不同物种RNA-seq的比较),使用TPM是一个较佳的Normalization方案。 3. 各种值的使用场合⚠️ 差异表达分析:原始count值,算法输入要求(针对二代测序差异分析算法,算法内...
因为RPK是一个对基因长度进行校正后的表达量单位,所以RPK之和也不会再带入基因长度的bias。因此,如果需要比较的样本之间转录本分布不一致时(例如不同物种RNA-seq的比较),使用TPM是一个较佳的Normalization方案。 3. 各种值的使用场合⚠️ 差异表达分析:原始count值,算法输入要求(针对二代测序差异分析算法,算法内...
因为RPK是一个对基因长度进行校正后的表达量单位,所以RPK之和也不会再带入基因长度的bias。因此,如果需要比较的样本之间转录本分布不一致时(例如不同物种RNA-seq的比较),使用TPM是一个较佳的Normalization方案。 3. 各种值的使用场合⚠️ 差异表达分析:原始count值,算法输入要求(针对二代测序差异分析算法,算法内...