(1)count转FPKM 这里需要根据FPKM的公式定义一个函数: 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 # effLen基因长度,counts是基因的count数 Counts2FPKM<-function(counts,effLen){N<-sum(counts)exp(log(counts)+log(1e9)-log(effLen)-log(N))} 使用上面函数就可以转换了: 代码语言:javascript ...
RPKM和FPKM之间的唯一区别是FPKM考虑到两次reads可以映射到一个片段(因此它不会对该片段进行两次计数)。 即单端测序:reads=fragments,双端测序:2 * reads≈fragments而经过上游处理,双端测序两个reads可以对应一个片段的过程已经完成,最后得到的counts就已经相当于是片段fragments了,因此下游分析由counts计算RPKM、 FPKM...
CPM(Counts per million) FPKM(Fragments per kilobase million) TPM(Transcripts per million) UQ(Upper quartile) CUF(Counts adjusted with UQ factors) TMM(Trimmed mean of M-values) CTF(Counts adjusted with TMM factors) 有关方法的深入描述,请参阅: https://rnanorm.readthedocs.io/en/latest/ 特征 ...
Counts RPK RPKM/FPKM TPM CPM数据转换原理 他人总结:CPM只考虑了测序深度,RPM只考虑了基因长度,RPKM和FPKM同时考虑了基因长度和深度,TPM不仅考虑了基因长度和深度,还考虑了基因表达量总和一致,其中CPM和TPM由于总表达量相等,可以用来做差异分析。 相关R代码 https://www.cxyzjd.com/article/weixin_29014237/...
FPKM\RPKM\TPM学习[转载] 转自:http://www.360doc.com/content/18/0112/02/50153987_721216719.shtml 1.问题提出 在RNA-Seq的分析中,对基因或转录本的read counts数目进行标准化(normalization)是一个极其重要的步骤,因为落在一个基因区域内的read counts数目取决于基因长度和测序深度. 很容易理解,一个基因越长...
1. counts 转 FPKM 计算FPKM的三要素:原始counts矩阵,样本总reads数,基因长度。 # expr: counts 表达矩阵, 行:转录本,列:样本 # transcript_len$length 转录本长度 expr1 = expr/transcript_len$length fpkm = t(t(expr1)/colSums(expr)) * 10^9 ...
Read counts:校正后的 counts 值,对 counts 值进行负二项拟合和收缩后的数值;FPKM:在基因 counts 的基础上,对基因长度和总测序量进行了校正,用基因的 counts 值除以基因长度,再除以测序数据量(实际使用的是比对成功的 reads 总数),从而得到每个基因相对的表达水平。这个值更符合实际基因表达情况。
转录组丨差异倍数之谜:为何Counts与FPKM结果不同? - 核心逻辑 :差异分析基于校正后的Counts(如DESeq2的归一化方法),而FPKM用于展示表达量。二者计算方式不同,结果自然存在差异。 - 比喻 :Counts是“生食材”,FPKM是“调味后的菜品”,差异分析则是“厨师的独家配方”。
countdata <- mycounts[,1:9] rpk <- countdata / kb rpk tpm <- t(t(rpk)/colSums(rpk) * 1000000) head(tpm) write.table(tpm,file="2020武汉加油_tpm.xls",sep="\t",quote=F) FPKM计算 fpkm <- t(t(rpk)/colSums(countdata) * 10^6) (之前这里写成了10^9,多谢@不爱说话的生物狗 提醒...
请问基因counts如何转成FPKM值,有没有脚本或者软件? 只看楼主收藏回复 Krt 硕士 2 送TA礼物 1楼2019-07-07 16:59回复 Krt 硕士 2 谷歌百度不到,生信笔记和生信坑那俩网站又进不了 2楼2019-07-07 17:00 回复 登录百度账号 下次自动登录 忘记密码? 扫二维码下载贴吧客户端 下载贴吧APP看高清直播...