FPKM转化为TPM fpkm_to_tpm = t(t(fpkm)/colSums(fpkm))*10^6 head(fpkm_to_tpm) 当然,已知所有基因的FPKM情况下,可以通过上述公式直接在excel里计算相应基因的TPM值。
使用方法如下:usage: run-featurecounts.R [--] [--help] [--bam BAM] [--gtf GTF] [--output OUTPUT] 有时候需要运行:Rscript run-featurecounts.R --bam BAM --gtf GTF --output OUTPUT 结果展示: gene_id counts fpkm tpm Os01g01001003725.483132054147916.2561821577044Os01g0100200000Os01g0100300000...
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