与RPKM唯一的区别为:F是fragments,R是reads,如果是PE(Pair-end)测序,每个fragments会有两个reads,FPKM只计算两个reads能比对到同一个转录本的fragments数量,而RPKM计算的是可以比对到转录本的reads数量而不管PE的两个reads是否能比对到同一个转录本上。如果是SE(single-end)测序,那么FPKM和RPKM计算的结果将是一致...
二者区别仅在于,Fragment与Read。RPKM的诞生是针对早期的SE测序,FPKM则是在PE测序上对RPKM的校正。只要明确Reads和Fragments的区别,RPKM和FPKM的概念便易于区分。Reads即是指下机后fastq数据中的每一条Reads,Fragments则是指每一段用于测序的核酸片段【双端序列即使丢弃1端reads,让按照1个Fragments计算】。 RPKM is fo...
二者区别仅在于,Fragment与Read。RPKM的诞生是针对早期的SE测序,FPKM则是在PE测序上对RPKM的校正。只要明确Reads和Fragments的区别,RPKM和FPKM的概念便易于区分。Reads即是指下机后fastq数据中的每一条Reads,Fragments则是指每一段用于测序的核酸片段【双端序列即使丢弃1端reads,让按照1个Fragments计算】。 RPKM is fo...
二者区别仅在于，Fragment与Read。RPKM的诞生是针对早期的SE测序，FPKM则是在PE测序上对RPKM的校正。只要明确Reads和Fragments的区别，RPKM和FPKM的概念便易于区分。Reads即是指下机后fastq数据中的每一条Reads，Fragments则是指每一段用于测序的核酸片段【双端序列即使丢弃1端reads，让按照1个Fragments计算】...
也就是说 ,而非CPM、RPKM、 FPKM,表达定量的结果主要用于主成分分析、层次聚类分析。 数值概念:计算公式:CPM= A/mapped reads*1000000 A为比对到某基因的reads数(read count)。 用途:在某些情况下,只想了解每个基因被覆盖到的相对reads数,而不希望对其做长度校正,就会使用这个指标。 用总reads进行均一化是最...
二者区别仅在于,Fragment与Read。RPKM的诞生是针对早期的SE测序,FPKM则是在PE测序上对RPKM的校正。只要明确Reads和Fragments的区别,RPKM和FPKM的概念便易于区分。Reads即是指下机后fastq数据中的每一条Reads,Fragments则是指每一段用于测序的核酸片段【双端序列即使丢弃1端reads,让按照1个Fragments计算】。