富集倍数的计算方法: 利用eval直接做计算 go=read.csv("enrichGO_all.csv",stringsAsFactors=F)enrichment_fold=apply(go,1,function(x){GeneRatio=eval(parse(text=x["GeneRatio"]))BgRatio=eval(parse(text=x["BgRatio"]))enrichment_fold=round(GeneRatio/BgRatio,2)enrichment_fold})go$EF<-enrichment_fold...
NOM p-val：代表p值，代表富集结果的可信度 FDR q-val：代表q值，是多重假设检验矫正后的p值 RANK IN GENE LIST：代表该基因在排序中的位置 RANK METRIC SCORE：代表该基因排序量的值，即：处理后的fold change值 RUNNING ES：代表累计的ES CORE ENRICHMENT：代表是否属于核心基团，即对该基因集的ES作出了主要...
由于晶体结构缺失区域电子密度差,根据经验蛋白质晶体结构中的缺失区域是那些无法解析的区域,7AM1的Alphafold模型的TM-score 为0.97,RMSD为1.41 Å;RoseTTAFold的模型得到的TM-score为 0.88,RMSD为3.38 Å;排除晶体结构的缺失区域,Alphafold 模型在与晶体结构的相似程度上较RoseTTAFold模型高。 图6. 7AM1蛋白的Alph...