粗粒化阶段: 通过模拟退火、基于fragment的片段插入以及刚体间的平移和转动进行大量的骨架构象采样,模拟局部多肽的构象变化,这三种扰动方式有各自的触发概率。 优化阶段: 对骨架进行小幅度的二面角扰动采样(shear & small mover)后,进行刚体间的能量最小化,以及侧链Rotamer的排布计算。在该阶段中,范德华力的吸引势和...