The most up-to-date version of this tutorial is available on GitHub. Introduction In this activity, you will utilize the Flex ddG [KB2018] protocol within Rosetta to computationally model and predict changes in binding free energies upon mutation (interface ΔΔG). This protocol uses the "back...
参考1: Flex ddG: Rosetta Ensemble-Based Estimation of Changes in Protein-Protein Binding Affinity Upon Mutation 参考2:https://github.com/Kortemme-Lab/flex_ddG_tutorial 一、前言&计算原理 Rosetta Flex ddG是2018年发布的最新蛋白亲和力成熟模块。其考虑了蛋白质复合物界面的骨架柔性,使用多构象集合评估平均...
二、Flex Ddg的使用 开发者在Github上已经发布了自动运行的python脚本、分析脚本,十分方便。以下本文将简单的介绍使用和解读运行的结果。 注意: 需要Rosetta版本大于Rosetta 2017.52 2.1 配置run.py 先针对系统环境,对run.py进行设置 # 修改第13行为Rosetta实际...