我看seurat包中,findmarkers的函数只要能找不同cluster 间的差异基因? 这个问题有两个解决方案,第一个把已经划分为B细胞群的那些细胞的表达矩阵,重新走seurat流程,看看这个时候它们是否是否根据有没有表达目的基因来进行分群,如果有,就可以使用 findmarkers 函数。 另外一个解决方案,就是人为划分,然后强行走seurat标
默认用法(针对两个单细胞亚群进行差异分析)如下所示: 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 markers_2<-FindMarkers(sce.sub.Endo,ident.1="HE",ident.2="CI")head(x=markers_2)# 就143个基因>head(markers_2)p_val avg_log2FC pct.1pct.2p_val_adjCXCL81.920167e-570.41107670.2390.4853...
最大的不同是FindMarkers()寻找的是指定两组细胞之间差异表达的基因;而FindConservedMarkers()分析的是某一个ident群两组细胞之间都保守表达的基因。另外,二者分析思路也有差异。下面的例子给出说明,Seurat官网上的列子,第一句用的FindMarkers(),进行的是ident.1 = "B_STIM"和ident.2 = "B_CTRL"之间进行的比较...
FindMarkers是一种基于单细胞RNA测序数据的差异表达分析方法,用于鉴定在不同条件或组别中显著差异表达的基因或标记物。其主要原理是通过计算不同细胞群体之间的基因表达差异来确定差异表达的基因,并根据差异的大小和统计学显著性对这些基因进行排序和筛选。 二、应用领域 FindMarkers方法广泛应用于生物医学研究中的单细胞RN...
考虑原文使用的是wilcoxon检验方法，故怀疑数据本身可能存在差异。通过研究S100a9基因在两组中的数据，发现其平均值差异显著，约为5倍，表明数据差异并非函数计算问题。进一步探究函数调用的数据集，发现默认设置分析的是normalized后的数据，而非原始counts数据。通过比较normalized和scaled数据集中的S100a9值，...
每一个样本读取进来得到count,data各自为政。FindAllMarkers做差异分析的时候,无法确定处理的对象。所以报错并提示融合不同的layers。 解决方案 由于我更新了Seurat后,因为有些包不兼容又更新了对应的包,因此在解决此问题的时候涉及到多个包的版本downgrade。具体的版本不一,能跑就行,可以参考一下提供的版本。
Seurat是一种用于单细胞转录组数据分析的R语言包,它提供了一系列强大的功能,可以用于数据预处理、细胞类型鉴定、基因分析等。在Seurat中,常常使用findMarkers()函数来寻找差异表达的基因,在不同的细胞群之间进行比较。这篇文章将详细介绍findMarkers函数的使用方法。 1.安装Seurat和依赖包 在开始之前,首先需要安装Seurat...
jianshu.com/p/fb2e43905 PrepSCTFindMarkers源码解析:seurat对SCTransform归一化处理后如何合理进行差异表达分析,官宣了PrepSCTFindMarkers()函数 zhuanlan.zhihu.com/p/15 “如何使用 Seurat 分析单细胞测序数据( Q&A)-下” 有的问题还挺好 github.com/satijalab/se seurat团队回答的关于找DE要不要用整合的问题:“...
它提供了丰富的函数和工具,帮助研究人员对单个细胞的基因表达进行建模和分析。其中一个非常有用的函数是findMarkers(),它用于寻找在不同细胞群体之间表达显著差异的基因。在本文中,我们将一步一步地回答关于Seurat的findMarkers函数的使用方法。 第一步:安装和加载Seurat包 要使用Seurat包,首先需要在R中安装它。可以...