$ find . | grep -P "(R|c)$" | xargs grep -in "FindAllMarkers" --color=auto 2>/dev/null ./seurat-4.1.0/R/differential_expression.R:45:FindAllMarkers <- function( 该函数主要调用了 FindMarkers() 函数,仅给一个ident.1,求每个ident的标记基因。
seurat-FindAllMarkers()源码解析seurat-FindAllMarkers()源码解析 现在回想单细胞项⽬的⼀些常规分析,clusters/groups间的差异表达分析(differentialexpressionanalysis)⼏乎是分析必备 项,FindAllMarkers()和FindMarkers()的使⽤频率⾮常⾼。做差异表达分析的⼯具很多,我们如何根据⾃⼰的数据和实验处理⽅...
案例1:找出seurat对象seurat_obj中cluster0和cluster1的差异基因。 DefaultAssay(seurat_obj) <- "RNA" DEG_wilcox <- FindMarkers(seurat_obj, ident.1 = 0, ident.2= 1, test.use = "wilcox", min.pct = 0.5, logfc.threshold = 0.5, only.pos = T) head(DEG_wilcox) # p_val avg_log2FC pc...
control<-CreateSeuratObject(counts=control.data,project="control",min.cells=3,min.features=200)control<-subset(control,subset=nFeature_RNA>200&nCount_RNA>1000)control<-SCTransform(control,verbose=FALSE)heat.data<-Read10X(data.dir="heat/filtered_feature_bc_matrix/")heat<-CreateSeuratObject(counts...