Seurat作为知名的单细胞数据分析框架,虽然很好用,但在大数据集一直存在速度上的短板,尤其在FindAllMarkers。所以其一直也在试图解决,比如通过引入feature多线程来加速,但做FindMarkers时效果没有想象中的那么好。但是,现在新版的Seurat再一次对速度动手了,在FindAllMarkers中引入了presto包来加速,这一次提升效果着实...
然而,对于大型数据集的DE分析,使用Seurat软件包的FindAllMarkers方法 在数据集的全部细胞上执行DE搜索将变得非常缓慢。即使开启了future并行,速度也并不会显著提升,因为多线程模式只能在某些特定的计算环节中发挥作用,而在其他计算环节中仍然需要使用单线程模式。在加速搜索差异基因,FindAllMarkers函数本身提供了对基因或...