福尔马林固定石蜡包埋(Formalin Fixed Paraffin Embedded,FFPE)样本是临床上长期保存病理样本的常用方法,可以和临床数据(如患者临床资料,患者生存预后信息,用药和治疗疗效等)相关联,为确定疾病的发生发展机制研究、生物标志物和药物靶标提供了巨大的资源,是进行回顾性研究的不二之选。但FFPE处理会使组织中的核酸发生不同...
对于从FFPE样本中提取的核酸,一般通过吸光度检测仪器Nanodrop,荧光定量仪Qubit及毛细管电泳仪进行测定核酸浓度、OD值(纯度)及片段大小(DIN)。对于核酸的质控是非常重要的,因为提取的核酸质量会影响下游的实验结果。参考文献 [1] Klopfleisch R, Weiss AT, Gruber AD. Excavation of a buried treasure--DNA, mRNA...
FFPE 之所以能够推进科研重大成果,成为医学研究和临床病理诊断中不可或缺的样本处理技术,与它的特质相关:比如 FFPE 样本可以在室温下保存数十年,不受时间限制,便于长期研究和样本库的建立;FFPE 技术有效固定组织结构,保持细胞和组织的原有形态,对病理...
石蜡包埋(FFPE)样本因能良好维持组织形态且可长久保存,成为临床病理学的首选样本。相比新鲜冰冻样本,FFPE在处理高含水、易自溶及需脱钙处理的组织(如眼球、肝脏、胰腺、皮肤、骨骼和软骨)时,展现出更高的稳定性。时空转录组FFPE产品利用“随机探针”技术,可以有效捕获FFPE样本中Total RNA分子,以及发生降解的RNA...
表1 影响FFPE样本中DNA质量的主要因素 ■ 如何提高FFPE样本的建库质量? 1.样本质量控制 对于高质量的DNA样本,通过吸光度检测样品纯度(Nanodrop)和荧光定量(Qubit)进行质量检测即可,但是这对于FFPE样本来源的DNA是远远不够的, 需要进一步的质控评估。目前主要的方法有以下两种: ...
福尔马林固定石蜡包埋的组织样本( Formalin Fixed Paraffin Embedded,简称FFPE),因其易于长期稳定保存、且能够较好地维持组织形态便于在显微镜下检查和分析的特点,被广泛应用于病理学研究和临床诊断。此外,…
影响FFPE样本中核酸质量的因素 一般核酸提取纯化有三个质检指标:核酸浓度、核酸纯度及核酸完整度,而FFPE样本由于福尔马林处理,损伤核酸,影响下游应用数据的真实性,提高了核酸提取难度。一般来说FFPE 样本可以保存长达数年时间,但超过一年的FFPE样本不建议用于NGS实验。即使在一年内,随着保存时间的增加,DNA的片段化...
由此可见,FFPE样本保存时间越短,片段完整性越高。2、切片厚度。FFPE样本切片的厚度对于核酸(DNA/RNA)提取也有影响。切片太薄可能导致核酸损伤,而太厚则可能影响脱蜡及蛋白酶K消化的彻底性,从而降低核酸得率。3、固定时组织的厚度。这对RNA的质量影响较明显。较厚的组织在包埋后提取的RNA质量较差,这可能是因为...
在蛋白质组学研究中,最常使用的样本包括血液、唾液、脑脊液等体液样本,还有组织、细胞等固体样本。然而,有一类储量丰富的样本资源却常被忽略,它就是被称为病理“瑰宝”的FFPE(福尔马林固定石蜡包埋的组织)样本[1]。接下来小谱就带大家了解一下被忽略的FFPE样本在蛋白质组学领域所蕴含的科研价值。
1 FFPE样本出现的原因 为保护细胞结构的完整性,先使用福尔马林固定组织样本,然后使用石蜡包埋,以方便切成薄片的组织样本就是FFPE样本。之所以会出现FFPE样本,主要是因为可以在常温下较长时间地保存组织或制备检验所需的组织标本。2 FFPE样本的制备步骤 其制备过程分为5个步骤,大致过程是将组织内的物质相互交联...