下图来源于薛定谔公司Dr. Jenny Chambers的《Introduction to Structure-Based Drug Design》。图里说的很清楚,对接的打分结果和活性(IC50,Kd,EC50)无关,也不能用来对分子的好坏进行排序,仅能作为富集分子的工具。 Docking因为其打分函数不准确以及采样不足限制了这种方法的精度。有其他的CADD工具可以实现么?可以比较准...
Structure Prediction & Target Enablement Validate protein models without experimental structures or from low resolution structures using IFD-MD with FEP+ Structurally enable off-targets and design out common ADMET liabilities Hit Discovery Rescore hits from virtual screens to prioritize synthesis lists and ...
FEP的构建基于hybrid topology/ dual topology的体系,以下图为例,我们想比较L8到L9结构改造中的自由能差值,易见它们仅仅差别在于苯到环己烷的变化,其余的部分都可以定义为common structure,在计算时可以保持参数与性质不变。 图四、pseudo dual molecule示例 2.3 dual topology体系的力场参数设计 如图三中,构建好dual to...
英文名:FEP (Fluorinated ethylene propylene) FEP 是四氟乙烯和六氟丙烯共聚而成的,六氟丙烯的含量约15%左右,是聚四氟乙烯的改性材料。全称:氟化乙烯丙烯共聚物(全氟乙烯丙烯共聚物),简称聚全氟乙丙烯,又缩写成 F46。 FEP 结晶熔化点为 580°F,密度为 2.15g/CC(克/立方厘米),它是一种软性塑料,其拉伸强度、...
At least one experimental protein-ligand structure or a computationally-generated protein-ligand binding mode hypothesis At least 10 congeneric ligands (≥20 preferred) with known affinity data (with a dynamic range of at least 2 to 3 orders of magnitude) Available as software or a service Leverag...
Jenny Chambers的《Introduction to Structure-Based Drug Design》。图里说的很清楚,对接的打分结果和活性(IC50,Kd,EC50)无关,也不能用来对分子的好坏进行排序,仅能作为富集分子的工具。 Docking因为其打分函数不准确以及采样不足限制了这种方法的...
产品结构 Structure 导体/Conductor 绝缘体 Insulation 电器特性 Electrical Characteristic 包装Packing 截面积Cross Sectional Area (mm2) 构造Construction NO.×φmm 直径Diameter (mm) 平均绝缘层厚度 Average Insulation Thickness (mm) 最小绝缘层厚度 Minimum Insulation Thickness (mm) 完成外径 Over Di...
Structure 线号AWG 导体/Conductor 绝缘体 Insulation 电器特性 Electrical Characteristic 包装Packing 构造Construction NO.×φmm 截面积Cross Sectional Area (mm2) 直径Diameter (mm) 平均绝缘层厚度 Average Insulation Thickness (mm) 最小绝缘层厚度 Minimum Insulation Thickness (mm) ...
下图来源于薛定谔公司Dr. Jenny Chambers的《Introduction to Structure-Based Drug Design》。图里说的很清楚,对接的打分结果和活性(IC50,Kd,EC50)无关,也不能用来对分子的好坏进行排序,仅能作为富集分子的工具。 Docking因为其打分函数不准确以及采样不足限制了这种方法的精度。有其他的CADD工具可以实现么?可以比较准...
近日(写于去年9月) JCIM一篇文章,探讨AF2 model用来做FEP怎么样。 有这个想法很自然,structure-based方法确实有用 (FEP也是一种structure-based方法),但问题是感兴趣的靶点未必有实验结构。 之前就有探索homology model做FEP可行性,AF2又提供了另一种选项,尤其对同源性低的蛋白来说。