自由能计算(FEP)是一种用于计算分子间相互作用的方法,可以用来研究化学反应的能垒和反应速率。结合分子动力学和自由能计算可以对分子系统的动力学行为进行深入研究。 在分子动力学的FEP计算中,首先需要定义一个系统的势能函数,然后通过改变一些参数(例如键长、键角等)来计算两个状态之间的自由能差异。这种方法可以用来...
自由能表面(Free Energy Surface, FES)计算是通过模拟分子在空间中的运动,以揭示分子在不同构象或反应路径下的自由能变化。这种计算方法在研究生物分子的构象变化、化学反应动力学等方面有着重要的应用。 在分子动力学的自由能计算中,常用的方法之一是通过自由能插值(Free Energy Perturbation, FEP)来计算。FEP方法...
执行此步前,确保你已经获得来自Fepreare的FEP输入文件,并上传至工作路径 在这个例子的中,我的FEP输入文件为ligand0_ligand1_07112022051655 !unzipligand0_ligand1_07112022051655.zip#your FEP input file.!bash/home/aistudio/1_pre.shArchive:ligand0_ligand1_07112022051655.zipinflating:reference.rtfinflating:top_...
Simulation | Change Forcefield,选择CHARMm力场,Apply Forcefield应用力场(FEP算法同时支持CHARMm和charmm36两种力场,若要使用charmm36则用Type Ligands with MATCH (Prototype)程序应用)。 4. 打开Generate Ligand Pairs for FEP...,该程序的工作原理是首先为每个唯一的配对计算一个包含最大公共子结构(MCS)的相似性矩...
在Ligand表单选中32与33,然后点击Flare | 3D pose| FEP | New FEP Project创建FEP计算项目,参数如下: Ligands: Selected 2 Ligands Activity column: Ki Protein: 2QBP_P Chains: A Chain, A Water 点击Create按钮,弹出FEP Generate Graph对话框,设置如下参数: ...
fep热缩管 直径 壁厚 尺寸计算 热缩管是一种通过加热后能够收缩并密封在所包覆物体上的管状材料。它在工业生产和维修中具有广泛的应用,可以起到保护、隔离和绝缘等作用。热缩管的尺寸计算主要涉及直径和壁厚的确定。以下将从基本概念、计算公式和步骤以及影响因素等方面进行详细阐述。 一、热缩管的基本概念 热缩管由...
如何使用Discovery Studio软件生成具有共同特征的药效团模型 4106 -- 23:46 App Discovery Studio软件介绍和安装 367 -- 8:09 App 如何使用Discovery Studio软件根据化学反应对先导化合物改造优化 1361 -- 18:35 App Discovery Studio功能讲解——基于配体的虚拟筛选 2022 1 35:45 App 如何使用Discovery Studio创...
Hermite® Uni-FEP 是深势科技开发的 FEP 计算工具,自2021年上线 Hermite® 药物计算设计平台以来,Uni-FEP 已服务于众多药企和研究机构,累计完成超过20万次计算任务。今天,Hermite® Uni-FEP 推出里程碑式新版本,不仅引入了更稳定精准高效的新算法,还推出了更好看方便的新界面,以协助药物研发团队更好更容易地...
1. 热力学积分法(TI) 热力学积分法(Thermodynamic Integration,TI)是一种计算自由能差值的方法,其公式可以用于计算两个状态之间的自由能变化。与FEP方法类似,TI法通过在两个状态之间插入多个过渡态,并耦合常数来计算自由能差值。最终,将每两个过渡态的自由能差值相加,得到总的自由能变化。TI...