featurecounts是一种常用的基因及转录本计数工具,可以统计RNA-seq测序数据中的基因和转录本的表达量。在使用featurecounts时,需要设置一些参数以使其能够正确地执行。下面是一些常见的featurecounts参数及其含义: 1. -t <feature_type>:设置要计数的特征类型,如gene、transcript、exon等。默认为gene。 2. -g <attribute...
options(stringsAsFactors = F) library(tximport) #Import transcript-level abundances and counts for transcript- and gene-level analysis packages library(tidyverse) # ggplot2 stringer dplyr tidyr readr purrr tibble forcats library(data.table) #多核读取文件 setwd("C:/Users/Lenovo/Desktop/test/") ##...
GTF的第九列,通常为: gene_id "At1g00001"; transcript_id "At1g00001.1"; 而GFF的第九列,通常还可以增加一些其他信息,通过分号分割: ID=mrna001;Name=abc ID=exon1;Parent=mrna001 ID=exon2;Parent=mrna001 所以,就是要用gffread软件,把....
options(stringsAsFactors = F) library(tximport) #Import transcript-level abundances and counts for transcript- and gene-level analysis packages library(tidyverse) # ggplot2 stringer dplyr tidyr readr purrr tibble forcats library(data.table) #多核读取文件 setwd("C:/Users/Lenovo/Desktop/test/") ##...
指定要计数的特征类型,如gene、exon、transcript等。默认为gene。 -a或--annotationFile。指定参考基因组注释文件。 -g或--attributeType。指定注释文件中特征的名称。默认为gene_id。 2.分析参数 分析参数指的是FeatureCounts进行基因表达分析时所使用的统计方法和计数方法等。在FeatureCounts中,分析参数有以下几个: -...
chr1 refGene exon 13221 14362 . + . gene_id "LOC102725121"; transcript_id "NR_148357"; exon_number "3"; exon_id "NR_148357.3"; gene_name "LOC102725121"; chr15 refGene transcript 102516808 102519301 . - . gene_id "LOC102725121"; transcript_id "NR_148357_2"; gene_name "LOC10272512...
获取ensembl_id或transcript_id转化的对应文件 承接上节RNA-seq入门实战(一)本节介绍使用hisat2或salmon这两种方法进行转录组上游数据的比对和计数。39个转录组分析工具,120种组合评估(https://www.nature.com/articles/s41467-017-00050-4)表明基于hisat2或salmon进行转录本定量都比较优秀。
-T5# 设置线程数为5-p # paired-end,会统计fragment而不统计read-t exon # reads只有落到exon上才会被统计到,-g transcript_id # 使用transcript_id,来将feature(exon)水平的统计汇总为meta-feature水平的统计 五、结果解读 代码语言:javascript 代码运行次数:0 ...
3. 获取ensembl_id或transcript_id转化的对应文件 承接上节RNA-seq入门实战(一)本节介绍使用hisat2或salmon这两种方法进行转录组上游数据的比对和计数。39个转录组分析工具,120种组合评估(https://www.nature.com/articles/s41467-017-00050-4) 表明基于hisat2或salmon进行转录本定量都比较优秀。
-g transcript_id# 使用transcript_id,来将feature(exon)水平的统计汇总为meta-feature水平的统计 五、结果解读 gene_id:# 基因名 chr:# 位于的染色体 start:# exon起始位置 end:# exon终止位置 strand# 正负链 length# 转录本长度 # 后面的列为reads数目...