R函数p.adjust可用来计算一组p-value校正后的fdr值。(DESeq2中返回的padj也是用BH方法控制的FDR) q-value是什么? q-value是Storey和Tibshirani提出的基于p-value分布的FDR计量方法,具体见什么,你算出的P-value看上去像齐天大圣变的庙?。 如何尽量减少统计检验次数 我们看到上面的校正方法多于统计检测次数有关,统...
R函数p.adjust可用来计算一组p-value校正后的fdr值。(DESeq2中返回的padj也是用BH方法控制的FDR) q-value是什么? q-value是Storey和Tibshirani提出的基于p-value分布的FDR计量方法,具体见什么,你算出的P-value看上去像齐天大圣变的庙?。 如何尽量减少统计检验次数 我们看到上面的校正方法多于统计检测次数有关,统...
R函数p.adjust可用来计算一组p-value校正后的fdr值。(DESeq2中返回的padj也是用BH方法控制的FDR) q-value是什么? q-value是Storey和Tibshirani提出的基于p-value分布的FDR计量方法,具体见什么,你算出的P-value看上去像齐天大圣变的庙?。 如何尽量减少统计检验次数 我们看到上面的校正方法多于统计检测次数有关,统...
R函数p.adjust可用来计算一组p-value校正后的fdr值。(DESeq2中返回的padj也是用BH方法控制的FDR) q-value是什么? q-value是Storey和Tibshirani提出的基于p-value分布的FDR计量方法,具体见什么,你算出的P-value看上去像齐天大圣变的庙?。 如何尽量减少统计检验次数 我们看到上面的校正方法多于统计检测次数有关,统...
BH法有时也称fdr法,是我们最常用的多重假设检验校正方法,可以很好的控制假阳性率和维持统计检出力。R函数p.adjust可用来计算一组p-value校正后的fdr值。(DESeq2中返回的padj也是用BH方法控制的FDR) q-value是什么? q-value是Storey和Tibshirani提出的基于p-value分布的FDR计量方法,具体见什么,你算出的P-value看...
很多的生信软件都在使用FDR对可能出现的大“假阳性”概率进行控制,比如RNA-seq的差异表达分析中,adjust p-value(padj )其实就是经过FDR校正的p值,chip-seq的经典call peak软件macs2里面有一个参数-q,其实-q就是指定的FDR cutoff值,等等。 那么FDR目的何在? FDR是为了控制多重比较中大量升高的假阳性概率 FDR...
DESeq表中的Pvalue 值,GO_enrichment表中的corrected Pvalue是相同的,都是P值。因为派森诺转录组生物信息分析使用的是R语言包DESeq,通过对readcounts均一化后得到basemean,由basamean计算出P值。该软件在运行生成图文时,自动会给每个表格加title,因此会出现相同值出现了不同命名的情况。同样的,FDR和Padj也代表相同...
FDR的计算是根据假设检验的P-value进行校正而得到的。一般来说,FDR的计算采用Benjamini-Hochberg方法(简称BH法),计算方法如下: 将所有P-value升序排列.P-value记为P,P-value的序号记为i,P-value的总数记为m FDR(i)=P(i)*m/i 根据i的取值从大到小,依次执行FDR(i)=min{FDR(i),FDR(i+1)} ...
车上写下回答：这个包没用过，fdr矫正公式一般一致，你的数据量太小，用自带数据测试吧，data(pvalues...
很多的生信软件都在使用FDR对可能出现的大“假阳性”概率进行控制,比如RNA-seq的差异表达分析中,adjust p-value(padj )其实就是经过FDR校正的p值,chip-seq的经典call peak软件macs2里面有一个参数-q,其实-q就是指定的FDR cutoff值,等等。 那么FDR目的何在?