网址:https://www.bioladder.cn/web/#/chart/58 3.1导入数据 在文本框中输入您的P值,每个P值单独占一行。 3.2调整参数 可以调整计算FDR的方法。 FDR的计算是根据假设检验的P-value进行校正而得到的。一般来说,FDR的计算采用Benjamini-Hochberg方法(简称BH法) 3.3 提交查看 上传完数据,并调好参数后,点击右上方...
修正的q*值取最小值,即为我们平时工作中用到的修正的FDR值q-valuei。这里的公式即为Bonferroni型多重检验过程中的公式。也是开始FDR的计算公式: 最后是FDR校正后的p值计算的一个小例子。 大家可以移步该网页查看 http://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/stats...
1.对p值进行从小到大的排序,标记上序号1~n; 2.其中,最大的FDR(不考虑重复则为第n位)等于最大的p值; 3.对于n-1位的FDR,取下面两者的较小值: 上一步(第n位)计算得出的FDR值; p值*n/(n-1) 4.不断迭代第三步(n-2,n-3...),直至计算到最小p值对应的FDR。 例子: temp <-c(0.01,0.11,0.2...
修正的q*值取最小值,即为我们平时工作中用到的修正的FDR值q-valuei。这里的公式即为Bonferroni型多重检验过程中的公式。也是开始FDR的计算公式: 最后是FDR校正后的p值计算的一个小例子。 大家可以移步该网页查看 http://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/stats/html/p.adjust.html 供稿:范芳芳 编辑:...
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FDR中文名为发现错误率,可以灵活调整取值,作为检验错误率的指标,定义: 这里用菌群举例。 代码: 1a<-res_mi_all$pval 2head(a) 1a<-sort(a) 2head(a) 1p.adjust(a) #可以看到下面结果校正后都不显著 1a[1]<-0.0000000001#给a的第一个数赋...
FDR表示的是信度,而不是富集程度或P值的大小.一般来说,FDR越小,表示该通路的富集结果越可靠.在KEGG通路分析中,你应该关注那些FDR值较小的通路,因为它们更可能是真正与你的研究相关的通路.
所谓的FDR值就是Q的期望值,E(Q)=E(V/R) 如果无效假设是正确的(s=0且v=r),FDR值就和FWER(familywise error rate)一样,假设v=0(结合s=0,就是说假设结果一次错误都没有出),Q就为0;如果v>0(出现了假阳性),那么Q=1,P(v≥1)=E(Q)。这样的结果提示一般的FWER法控制假阳性结果的能力是很弱的; ...
FDR校正法:允许一定的假阳性率 在实际应用中,我们希望减少Type I Error出现的可能,但也可以容许一定的假阳性率的存在。 Benjamini and Hochberg FDR (BH) 这是我们最常用的校正P-value控制假阳性率的方式。假设针对10000个基因进行了统计检验,对所有的原始P-value进行由小到大的排序分别为p1, p2, ..., p10000...