在一般情况下,可以认为 FDR = Q value = adjusted p value。在所有从p value 估算 Q value的公式中,Benjaminiand Hochberg 的方法(简称BH法)是使用最广泛的。 BH法的计算公式是: Q value = p *(m/k) 其中,m是检验的次数,k是这次检验的p value在所有检验中的排名。 例如,我们对10000个基因进行表达差异...
FDR值的计算方法如下：1）对每个基因进行p-value的计算 假设观测到基因A对应的reads数为x，已知在一个大文库中，每个基因的表达量只占所有基因表达量的一小部分，在这种情况下，p(x)的分布服从泊松分布。已知样本一中唯一比对到基因组的总reads数为N1，样本二中唯一比对到基因组的总reads数为N2，样本...
P值是统计差异的显著性的，Q-value，log2 fold change的意思是取log2，fold change的意思是样本质检表...
a 直接采用单变量的FDR的计算公式进行随机森林结果的FDR估计将与真实值出现明显的偏差。原因是其与单变量假设检验的结果P值相互独立不同,随机森林的变量重要性评分间存在着相互影响:差异变量的加入,将改变无差异变量的分布形状,并使其重复值大量增加。这些特点使得采用传统计算方法FDR估计值与真实值偏离。 [...
head(dat,3) dat$p<- pnorm(q=dat$z_score, lower.tail=F) head(dat,3) dat$p_adjust<- p.adjust(dat$p,method="fdr")## 对p值进行FDR矫正head(dat,3) 。 004、查看显著性位点得数目 sum(dat$p_adjust <0.05)## 查看显著性位点的数目 。
基迪奥生物2019-07-13 10:00:00 1 4 1/9
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任职要求(数值计算方向研发) 1. 数学、物理、计算机及相关专业毕业的硕士或博士 2. 熟悉数值分析和大规模稀疏矩阵求boss解3. 熟悉C/C++编程,有Linux环境编程经验 4.来自BOSS直聘有一种或多种高性能数学库使用经验 5. 掌握单机多线程、多进程、多机分布式编程技术是加分项 岗位职责: 1、 负责数值问题计算,和大...
在一般情况下，可以认为 FDR = Q value = adjusted p value。在所有从p value 估算 Q value的公式中，Benjaminiand Hochberg 的方法（简称BH法）是使用最广泛的。BH法的计算公式是：Q value = p *(m/k)其中，m是检验的次数，k是这次检验的p value在所有检验中的排名。例如，我们对10000个基因...