make[3]:***[text_line_reader.lo]Error1解决方法: a.网上提供了修改src/gtextutils/text_line_reader.cpp文件,将returninput_stream;修改为returninput_stream.good();此方法可以解决,并可成功安装,但是在此基础上,安装fastx-toolkit,会报错undefined reference to `InputStreamWrapper::InputStreamWrapper(std::...
安装fastx_toolkit (gcc, pkg-config) 我需要其中的fastx-clipper,从官网下载http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit/download.html最新版本的软件 用tar -jzf进行解压缩,解压缩之后,在文件夹中阅读README 得到提示: 那就安装gcc https://blog.csdn.net/xiaogugood/article/details/18400761 sudo apt-get install...
一:安装 (1)安装libgtextutils wgethttps://github.com/agordon/libgtextutils/releases/download/0.7/libgtextutils-0.7.tar.gztarxvf libgtextutils-0.7.tar.gzcdlibgtextutils-0.7./configure --prefix=/home/my/libgtextutils-0.7makemakeinstall*加载环境变量,再安装fastx-toolkit*export PKG_CONFIG_PATH=...
(1)去除测序数据中的接头(用到的是fastx_toolkit里面的fastx_clipper工具) Usage: fastx_clipper [-h] [-a ADAPTER] [-D] [-l N] [-n] [-d N] [-c] [-C] [-o] [-v] [-z] [-i INFILE] [-o OUTFILE] #去掉接头序列 [-a ADAPTER] =接头序列(默认为CCTTAAGG) [-l N] = 忽略碱基...
FASTX-Toolkit是一款对下一代测序数据预处理的软件。 下载地址:http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit/download.html,由于我的电脑是 centos,选择centos,即有安装说明。 http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit/install_centos.txt 先安装 Prerequisites:pkg-config,gcc,g++,wget ...
FASTX-Toolkit是用于短读FASTA / FASTQ文件预处理的命令行工具的集合。 新一代测序仪通常生成FASTA或FASTQ文件,包含多个短读序列(可能带有质量信息)。 这种FASTA / FASTQ文件的主要处理是使用专门程序将序列映射(也称为比对)到参考基因组或其他数据库。 这种映射程序的示例是:Blat,SHRiMP,LastZ,MAQ以及许多其他程序。
conda install fastx-toolkit 预编译安装 由于软件很早,也不再维护了,预编译版本安装的时候有一个小报错,需要补丁修改一下 代码语言:javascript 复制 wget-c https://github.com/agordon/fastx_toolkit/releases/download/0.0.14/fastx_toolkit-0.0.14.tar.bz2 ...
1、samtools、bedtools、 fastx-toolkit 北京大学 生命科学学院 叶永鑫 2011年5月23日 星期一 outline samtools 操作sam/bam文件(mapping)的工具 附加bcftools 操作vcf/bcf文件(snp/indel calling)的工具 bedtools 操作bed文件(block feature annotation)的工具 fastx-toolkit 操作fasta/fastq文件的工具 samtools sam...
FASTX-Toolkit是一款用于处理Short-Reads FASTA/FASTQ文件的程序,里面包含了丰富的FASTA/FASTQ文件格式转换、统计等命令。 下面是其功能介绍: FASTQ-to-FASTA converter (FASTQ转换成Fasta) Convert FASTQ files to FASTA files. FASTQ Information(FastQ质量统计图、核酸长度分布) ...
samtools bedtools fastxtoolkit 《samtools、bedtools、fastxtoolkit.ppt》由会员分享,可在线阅读,更多相关《samtools、bedtools、fastxtoolkit.ppt(134页珍藏版)》请在人人文库网上搜索。 samtools、bedtools、fastx-toolkit,北京大学生命科学学院叶永鑫2011年5月23日星期一,outline,samtools操作sam/bam文件(mapping)的工具...