可以首先使用 Clustal X 比对序列:Alignment—Output Format Options—Phylip format 比对后,在比对目录下生成几个文件,其中.phy 后缀名文件是 FastTree 要使用的。 参考文献: Hall B G. Comparison of the accuracies of several phylogenetic methods using ...
## f. 使用PAML软件的codeml进行正选择基因分析 mkdir -p /home/train/14.genome_comparison/f.PSG_analysis cd /home/train/14.genome_comparison/f.PSG_analysis # (1) 准备同源基因的密码子比对结果Phylip格式文件及其sub tree文件 # 选取至少在4个物种中出现的同源基因 orthomcl_extract_ortholog_seqs.pl ...