fastsimcoal2是一个可以用来模拟种群动态历史的软件。 fastsimcoal2是由伯尔尼大学的Laurent Excoffier小组2016年开发的一种非常灵活的人口统计(Demography)建模软件。 它通过执行合并模拟,使用位点频谱(SFS),推断最适合所观察数据的模型参数。 fastsimcoal2最关键的步骤就是完成自己的配置文件,接下来将会介绍配置文件中...
fastsimcoal2是由伯尔尼大学的Laurent Excoffier小组2016年开发的一种非常灵活的人口统计(Demography)建模软件。 它通过执行合并模拟,使用位点频谱(SFS),推断最适合所观察数据的模型参数。 models.png 软件下载 官网:http://cmpg.unibe.ch/software/fastsimcoal2/ 使用fastsimcoal2和模拟数据在简单模型下推断参数 输...
https://groups.google.com/g/fastsimcoal/c/AKrFl7v0Ft0 适用于最新版本的fsc 模型是这样的: early gene flow tpl文件 I think you can simplify your tpl file. Maybe try something like: //Parameters for the coalescence simulation program : fastsimcoal.exe2samples to simulate//Population effective...
fastsimcoal: a continuous-time coalescent simulator of genomic diversity under arbitrarily complex evolutionary scenarios Bioinformatics (2011)doi: 10.1093/bioinformatics/btr124
//Parameters for the coalescence simulation program : fastsimcoal.exe3samples to simulate://Population effective sizes (number of genes)NPOPAF20000002000000//Samples sizes and samples age202020//Growth rates : negative growth implies population expansion0R1R1//Number of migration matrices : 0 implies...
然后我们定义在一条1染色体上模拟,并且没有0结构差异,也就是只有一个1block。 最后定义我们模拟的数据的类型,数量(长度),突变率,重组率等等。 参考:fastsimcoal27