wget http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.8.zip 2.解压配置: unzip fastqc_v0.11.8.zip 配置: cd /data/software/FastQC chmod +x fastqc #由于fastqc是主程序,修改fastqc的使用权限 ln -s /data/software/FastQC/fastqc /usr/local/bin/fastqc 3.运行: fastqc -h #...
1.安装软件包 wgethttp://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.7.zip 屏幕截图 2022-10-04 224407.jpg 2.解压 unzip fastqc_v0.11.7.zip 屏幕截图 2022-10-04 225003.jpg 3.配置环境变量 chmod +x ~/Biosofts/FastQC/fastqc 屏幕截图 2022-10-04 225335.jpg ~/FastQC/fast...
1、建立fastqc文件夹 mkdir~/Biosofts/fastqc 2、解压 unzip~/Biosofts/fastqc_v0.11.7.zip-d~/Biosofts/ 3、通过路径查看 ~/Biosofts/FastQC/fastqc-h !!! 发现没有执行权限! 为了获得执行权限,借助chmod指令修改文件权限,如下。 chmod 777 /home/gxx/Biosofts/FastQC/fastqc 其中,777是111,111,111,即获...
sratoolkit.2.11.0-mac64/bin/./prefetch SRR1145747 sra文件就会被下载到个人文件夹,和SRA toolkit在同一个地方。 输入: sratoolkit.2.11.0-mac64/bin/./fastq-dumpSRR1145747 Fastq文件就会被下载到同一个路径下。
生信学霸揭秘生信分析的全流程!1. 下载数据选择数据源:常用的数据库有GEO、TCGA、ENSEMBL等。确定数据类型:根据研究需求选择适合的RNA-seq、ChIP-seq、ATAC-seq等数据类型。数据下载工具:使用SRA To - 科研生信SCI于20240722发布在抖音,已经收获了1359个喜欢,来抖
fastqc用于查看测序数据的质量。 1.下载: http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/download.html#fastqc wget http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.8.zip 2.解压配置: unzip fastqc_v0.11.8.zip 配置: ...
1 FastQC 主页: http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/ 下载页: http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/download.html#fastqc 下载,安装: wget-c http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.9.zip ...
1.下载FastQC http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/download.html#fastqc 打开后是这样,下载最新版本的fastqc wget http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.9.zip 2.解压(提示我的ubuntu没有unzip命令, 我又按照它的提示现安装的) ...
现在下载的就是sra文件。 2用sratoolkit从sra文件里提取fastq文件 (在sra文件所在的文件夹里提取,没有加目的文件夹)。--gzip是为了生成压缩的gz格式fastq文件。split-files是把提取的文件分成两份,unpaired的直接去掉。 fastq-dump --gzip --split-files SRR957677 #这是从单个sra文件里提取fastq文件 如果想从好...
2022-12-29 win10子系统ubunto下载,安装fastqc命令 纪念一下重新学习生信的开始。 今天主要解决了下载,安装fastqc命令,全程参考的是win10下子系统Ubuntu、fastqc的下载、安装 - 简书 (jianshu.com),完全适用。