git clone https://github.com/brwnj/fastq-multx cd fastq-multx make Sequences are sometimes output to STDOUT in a different order on OS X versus Redhat, therefore some tests may fail. Example Usage Single index
[0014] 现有技术中常见的根据barcode拆分FASTQ的软件,如seqtk_demultiplex、 FASTQ-multx等,存在以下不足: [0015] 1、有些(如seqtk_demultiplex)只能支持single index(每组index只包含一个 barcode片段)拆分;有些只支持single index或dual index(每组index只包含两个 barcode片段) [0016] 2、当测序过程中双端序列...
./fastq-multx/fastq-multx -B barcode.txt -m 1 -b itaq.2.fastq itaq.1.fastq -o %.R1.fastq -o %.R2.fastq # 合并两次拆分的结果 mkdir fastq_multx_output for i in `ls fastq_multx_output-1/itaq*.R1.fastq`; do a=${i/.R1.fastq/}; a=${a/fastq_multx_output-1\//}; echo ...
fastq-multx 参数 -o, 输出文件,一个输入文件一个输出文件流,格式: %.R1.fq.gz, %为barcode对应的样本名-m, barcod允许的主要错配个数,一般设置为0, 默认1-B, barcode文件,允许单端和双端barcode-n, 打印barcode序列-b, 从序列的5'端碱基开始匹配barcode-e, 从序列3'端开始匹配序列-q, 控制barcode碱...
fastq-multx 参数 -o, 输出文件,一个输入文件一个输出文件流,格式: %.R1.fq.gz, %为barcode对应的样本名-m, barcod允许的主要错配个数,一般设置为0, 默认1-B, barcode文件,允许单端和双端barcode-n, 打印barcode序列-b, 从序列的5'端碱基开始匹配barcode-e, 从序列3'端开始匹配序列-q, 控制barcode碱...