GitHub is where people build software. More than 150 million people use GitHub to discover, fork, and contribute to over 420 million projects.
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github官方: conda安装: conda install parallel-fastq-dump 这个命令需要fastq-dump,所以我还是安装在系统环境: sudo apt install parallel-fastq-dump parallel-fastq-dump直接调用fastq-dump命令,所以使用起来差不多。 示例: parallel-fastq-dump --sra-id SRR2244401 --threads 4 --outdir out/ --split-files...
Fastq文件得获取 ,可以从NCBI获取,也可以自己测序得到结果,下面介绍从网上获取数据。 linux 下安装SRA Toolkit工具 1、NCBI官网查看工具地址,并下载安装包 具体操作步骤如下: 打开NCBI官网 点击Download Tools并进入 找到SRA Toolskit 会转跳到github,复制下载连接,后续使用Linuxwget命令下载 打开Linux 总端,使用wget ...
Seqtk是Heng Li(https://github.com/lh3)大神开发的一款用于处理fasta/fastq文件的工具,因其操作轻便且跨平台,继而受到广大科研人员的青睐,目前这个项目在github上已经被标星602次。Seqtk的安装就和Heng Li大神的图像一样简单 代码语言:javascript 代码运行次数:0 ...
一个用于处理fastq测序文件的命令行小工具,功能还在不断更新中,子命令也不多,支持gzip压缩文件的输入和输出(结果文件名以.gz结尾,结果会自动压缩)。 reop: https://github.com/sharkLoc/fqkit install: cargo install fqkit usage: FqKit -- A simple and cross-platform program for fastq file manipulation ...
在github可以查到:https://github.com/csf-ngs/fastqc/blob/master/Contaminants/contaminant_list.txt 或者:Download common Illumina adapters fromhttps://github.com/vsbuffalo/scythe/blob/master/illumina_adapters.fa TruSeq Universal Adapter: AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT ...
一个用于处理fastq测序文件的命令行小工具,功能还在不断更新中,子命令也不多,支持gzip压缩文件的输入和输出(结果文件名以.gz结尾,结果会自动压缩)。 reop: https://github.com/sharkLoc/fqkit install: usage: 代码语言: AI代码解释 fqkit: A simple program for fastq file manipulation ...
fastQ文件太大R语言打不开,1、引入fastdfs<!--fastdfs包--><dependency><groupId>com.github.tobato</groupId><artifactId>fastdfs-client</artifactId><version>1.25.2-RELEASE<
github地址:https://github.com/indraniel/sff2fastq 该程序 `sff2fastq` 从由454基因组测序仪生成的SFF文件中提取读取信息,并以FASTQ格式输出序列和质量分数。 git clone git://github.com/indraniel/sff2fastq.git;cd sff2fastq;make 使用说明 Usage:sff2fastq[options][sff_file]-h This help message-v ...