使用 fastq-dump 前要确保相关环境已准备好。这个工具在生物信息学中较为常见。Fastq-dump 有多种参数可设置。不同的参数会产生不同的结果。运行 fastq-dump 需要一定的命令行知识。它可以从特定的数据源提取数据。了解输入数据的格式对使用 fastq-dump 很重要。 错误的操作可能导致无法得到期望的输出。正确配置 ...
(注意!bashrc文件中只保留一行export PATH,所以如果你的bashrc文件中已经有了export PATH开头的这行,那就使用第一种添加环境变量的方法,否则会让变量不起作用,还没探究为什么,自身经验之谈) 添加完成之后,首先使环境变量激活 cd .. #退出到根目录 source ~/.bashrc #激活添加的环境变量 fastq-dump -h #查看是否...
直接用sra号下载并解压fastq文件,但是推荐下载好文件再使用fastq_dump转换,且文件后缀是.sra(请注意): 单端数据: for id in SRR799545 SRR799544; do pfastq-dump --threads 10 -s $id --gzip; done 双端数据: for id in SRR799545 SRR799544; do pfastq-dump --threads 10 -s $id --split-3 --...
或者下载最新的source code,在服务器上用make 编译。 然后使用如下命令行: sra_sdk-2.0.0rc1/linux/rel/gcc/x86_64/bin/fastq-dump -A SRR034580 -D SRR034580.sra 这样就可以很简单的把sra格式转成fastq格式了。 转换.sra 文件成 .fastq/fasta 文件 #single-end 单端测序 .../fastq-dump DRR000003.sra...
使用fastq-dump从NCBI的SRA数据库下载数据 测序类的论文,一般需要将原始测序reads数据上传到某个公开的数据库,然后在文章末尾标明数据存储位置和登录号。NCBI的SRA (Sequence Read Archive) 数据库(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/) 是最常用的存储测序数据的数据库。如何从SRA数据库下载他人公开的数据,以作己...
使用fastq-dump下载SRA数据 环境和配置请见系列博文 1.下载: fastq-dump -Z DRR047093 1. 然后会显示信息:如果文件过大会有很多 可以显示制定条数 fastq-dump -X 5 -Z DRR047093 1. 文件位置:自己安装sratoolkit时配置的位置 hadoop@Mcnode1:~/cloud/adam/xubo/data/down-sratool/sra$ ll ...
fastq-dump是SRAtoolkit中使用频率很高的命令,用于从SRA文件中拆解提取fastq文件。具体用法如下: 代码语言:javascript 复制 Usage:fastq-dump[options]<path>[<path>...]fastq-dump[options]<accession>Use option--helpformore information 一. 拆解一个sra文件 ...
github链接https://github.com/rvalieris/parallel-fastq-dump 需要把fastq-dump这个命令添加到环境变量 使用到的命令是 parallel-fastq-dump --threads 12 --outdir ./ --split-files -s SRR5187763.sra -T tmp/ 1. 如果sra文件已经下载好了,-s参数后指定的内容就是文件名,如果没有下载就指定SRR5187763不...
首先，从FASTQ文件的获取开始。如果你自行测序，FASTQ文件会直接提供；若用于学习，可以从NCBI的SRA库下载。SRA库存储测序后的reads数据，可通过wget下载少量数据，或使用SRA Toolkit批量下载。安装SRA Toolkit后，通过`prefetch`命令下载SRR文件，如`$prefetch SRR453191`。接着，利用`fastq-dump`将.sra文件...
fastq-dump -X 100000 --split-files$SRRBAM=$SRR.bam R1=${SRR}_1.fastq R2=${SRR}_2.fastq TAG="@RG\tID:$SRR\tSM:$SRR\tLB:$SRR"bwa mem -R$TAG$REF$R1$R2| samtoolssort>$BAMsamtools index$BAM 让我们尝试提取下前1kb比对的fastq文件 ...