(注意!bashrc文件中只保留一行export PATH,所以如果你的bashrc文件中已经有了export PATH开头的这行,那就使用第一种添加环境变量的方法,否则会让变量不起作用,还没探究为什么,自身经验之谈) 添加完成之后,首先使环境变量激活 cd .. #退出到根目录 source ~/.bashrc #激活添加的环境变量 fastq-dump -h #查看是否...
直接用sra号下载并解压fastq文件,但是推荐下载好文件再使用fastq_dump转换,且文件后缀是.sra(请注意): 单端数据: for id in SRR799545 SRR799544; do pfastq-dump --threads 10 -s $id --gzip; done 双端数据: for id in SRR799545 SRR799544; do pfastq-dump --threads 10 -s $id --split-3 --...
使用fastq-dump从NCBI的SRA数据库下载数据 测序类的论文,一般需要将原始测序reads数据上传到某个公开的数据库,然后在文章末尾标明数据存储位置和登录号。NCBI的SRA (Sequence Read Archive) 数据库(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/) 是最常用的存储测序数据的数据库。如何从SRA数据库下载他人公开的数据,以作己...
1.下载: fastq-dump -Z DRR047093 1. 然后会显示信息:如果文件过大会有很多 可以显示制定条数 fastq-dump -X 5 -Z DRR047093 1. 文件位置:自己安装sratoolkit时配置的位置 hadoop@Mcnode1:~/cloud/adam/xubo/data/down-sratool/sra$ ll total 7532 drwxrwxr-x 2 hadoop hadoop 4096 1月 13 17:17 ....
使用基本命令行 ./sratoolkit.2.9.2-centos_linux64/bin/fastq-dump /path/to/xxx.sra 但是这个默认使用方法得到结果往往很糟, 比如说他默认会把双端测序结果保存到一个文件里, 但是如果你加上--split-3之后, 他会把原来双端拆分成两个文件,但是原来单端并不会保存成两个文件. 还有你用--gzip就能输出gz格...
下载方法选的是aws-http 默认会将sra格式转换为fastq格式,使用到的工具是fasterq-dump这个工具,试了几次一直遇到报错,所以就将下载格式默认选择为sra 需要制定参数-f sra 想的是后续再单独转成fastq格式 下载完成后转化fastq格式还是有问题,使用fasterq-dump命令有时候可以成功,但是有时候就会卡住,卡住后按ctrl+c命令...
fastq-dump是SRAtoolkit中使用频率很高的命令,用于从SRA文件中拆解提取fastq文件。具体用法如下: 代码语言:javascript 复制 Usage:fastq-dump[options]<path>[<path>...]fastq-dump[options]<accession>Use option--helpformore information 一. 拆解一个sra文件 ...
将其转换为fastq格式。使用--split-3参数处理双端测序数据，并通过-o参数指定输出目录，例如/home/cyh/Desktop/fastq。了解fastq-dump命令的其他参数，通过-h参数查询详细信息。例如，将文件输出到其他指定目录时，加-o参数指定输出路径。通过上述步骤，可得到两个fastq文件，用于后续的FastQC质控分析。
一般直接使用sratoolkit来下载。命令为: prefetch -X 200G SRR123456 -o SRR123456 fastq-dump --split-files -F SRR123456 8,GEO/SRA的fastq文件都是原始下机数据吗? 一般是原始下机数据(read长度完全一样),但是也有去接头之后的clean数据(长度不一样)。
fastq-dump -X 100000 --split-files$SRRBAM=$SRR.bam R1=${SRR}_1.fastq R2=${SRR}_2.fastq TAG="@RG\tID:$SRR\tSM:$SRR\tLB:$SRR"bwa mem -R$TAG$REF$R1$R2| samtoolssort>$BAMsamtools index$BAM 让我们尝试提取下前1kb比对的fastq文件 ...