(注意!bashrc文件中只保留一行export PATH,所以如果你的bashrc文件中已经有了export PATH开头的这行,那就使用第一种添加环境变量的方法,否则会让变量不起作用,还没探究为什么,自身经验之谈) 添加完成之后,首先使环境变量激活 cd .. #退出到根目录 source ~/.bashrc #激活添加的环境变量 fastq-dump -h #查看是否...
fastq-dump使用--split-files来替代--split-3 ,就可以生成3个文件。第1个文件的所有序列都是8bp,第2个文件26bp,第3个文件91bp,判断第3个文件时包含测序reads的文件。 ### 单个SRA数据拆分(测试) ### # fastq-dump为-A为指定文件名, --gzip为输出.gz压缩文件 fastq-dump --gzip --split-files -A ...
利用fastq-dump文件可以将sra文件直接转换为fastq格式,注意,如果是illumina的双末端测序,需要添加 --split-files选项,如果需要压缩格式,需要添加 --gzip选项。最终会生成SRR8651554_1.fastq.gz,SRR8651554_2.fastq.gz两个文件。 fastq-dump --split --gzip ~/ncbi/public/sra/SRR8651554.sra 压缩与解压缩 目前绝...
fastq-dump是SRAtoolkit中使用频率很高的命令,用于从SRA文件中拆解提取fastq文件。具体用法如下: 戈贝尔光和热 2018/12/27 8.8K0 SRA数据库官方工具—SRA Toolkit 数据库工具软件数据压缩 SRA Toolkit 是由美国国家生物技术信息中心(NCBI)提供的一组工具,专门用于处理 Sequence Read Archive(SRA)中存储的高通量测序数...
主要使用的工具是prefetch和fastq-dump。其中,prefetch主要是用来从NCBI的数据库中下载得到.sra文件,文件将会保存在如下地址: ~/ncbi/public/sra/ fastq-dump则可以将下载所得的.sra文件转化为.fastq文件,可以配套prefetch获得fastq文件,也可以单独使用下载得到fastq文件(速度巨慢)。 NCBI 数据下载示例 无论是使用 pref...
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Python与JSON(load、loads、dump、dumps) 2019-12-11 09:34 −1.Python中加载JSON 使用loads(string):作用将string类型转为dict字典或dict链表 # 加载配置,configuration_path:配置文件路径 def load_conf(configuration_path): with open(configurati... ...
/fastq-dump--split-files /Users/medsmit/ncbi/public/sra/SRR3501908.sra但肯定是犯了一些愚蠢的错误,因为它不起作用。有谁能帮帮我吗?谢谢你,Suparna 浏览3提问于2018-05-23得票数0 1回答 如何将多个.sra文档转换为一个fastq文档? 、 我的代码:$fastq-dumpI --split-files ERRXXXXX.sra.因此,我想知...
fastq-dump -X 100000 --split-files$SRRBAM=$SRR.bam R1=${SRR}_1.fastq R2=${SRR}_2.fastq TAG="@RG\tID:$SRR\tSM:$SRR\tLB:$SRR"bwa mem -R$TAG$REF$R1$R2| samtoolssort>$BAMsamtools index$BAM 让我们尝试提取下前1kb比对的fastq文件 ...