#%表示取余数 zlessSRR1039510_1.fastq.gz|grep"@SRR"-c zlessSRR1039510_1.fastq.gz|grep'^@SRR'|wc-l zless-SSRR1039510_1.fastq.gz|paste---|wc-l zlessSRR1039510_1.fastq.gz|wc-l|awk'{print $0/4}'zless-SSRR1039510_1.fastq.gz|awk'{ if(NR%4==2) {print} }'|wc-l # sed 版本 ...
FASTQ是存储原始测序读片的一种文本文件格式,常用于表示高通量测序仪输出的核苷酸序列及其对应的质量信息。 FASTQ文件的每个条目包含4行,分别表示: 读段标识信息:以@开头,后接序列标识符。 序列:即核苷酸的碱基序列,一般为20-500个碱基长度。 描述行:以+开头,后面可选重复序列标识符。 质量值:每个碱基的质量编码,...
fastq文件包含序列和质量值,每四行为一条read。解析read ID、序列、质量值,并理解Q值的意义。练习题:统计read数量、提取序列ID、计算碱基总数等。, 视频播放量 1923、弹幕量 0、点赞数 38、投硬币枚数 10、收藏人数 76、转发人数 2, 视频作者 生信技能树-jimmy, 作者简介
lane:测序时的一条泳道,一个泳道可以只接受一个library的,也可以是多个library的,不同的library在两段是用不同的街头序列连起来作为标识的。当接受多个library的时候也是一起出的结果,当我们需要的测序深度不是特别深的时候就可以采用这种办法,根据不同的接头序列将这些数据分开成为一个个单独样本的fastq数据,这也是...
fastq(https://en.wikipedia.org/wiki/FASTQ_format)同样是以文本形式来存储序列信息的格式,后缀名通常为.fastq 或者.fq,但是与fasta不相同的是,它除了存储序列本身外还存储了序列中每个单元所对应的质量分数,所以fastq格式通常用于高通量测试数据的存储。早期是有Sanger机构开发的,但是现在已经演变成一个高通量测序的...
Fastq 格式介绍 FASTQ read from the NCBI SRA There are four line types in the FASTQ format. First a ‘@’ title line which often holds just a record identifier. This is a free format field with no length limit—allowing arbitrary annotation or comments to be included, as in the example ...
FASTQ文件格式简介 Paired End(PE)测序,会生成的一对FASTQ文件,分别为R1和R2,正是因为双端测序的产生,使得序列拼接和比对更加准确,因为如果单端的话,只能依靠单端read的长短信息,如果双端的话,能依靠整个插入DNA片断长度的信息,通过判断配对序列的相近距离,确认reads的位置,减少了read比对到多个地方的情况发生。 配对...