#单端序列质控,-i 输入待处理的fastq文件,-o 质控后的fastq文件 fastp -i in.fq -o out.fq #双端序列,-i 输入前端序列,-I 输入后端序列;-o 输出前端序列,-O 输出后端序列,-w 调用线程数 nohup fastp -i test1.fq.gz -I test2.fq.gz -o test_clean_1.fq.gz -O test_clean_2.fq.gz -w ...
conda activate fastp # 创建fastp处理输出文件储存路径,fastp程序无法自动创建新文件夹 mkdir /mnt/d/meta/rawdata/fastp # 使用for循环批量处理,用时50秒 for F in /mnt/d/meta/rawdata/*_1.fastq; do R=${F%_*}_2.fastq; BASE=${F##*/}; SAMPLE=${BASE%_*}; time fastp -i $F -I $R ...
这里&符号用于将每个fastp命令放到后台执行,wait命令用于等待所有后台命令完成后再继续执行后面的命令(如果有的话)。 3. 运行脚本或命令,进行批量处理 按照上述任一方法执行脚本或命令即可。 4. 检查输出文件,确认质控结果 检查生成的.clean.fastq.gz文件和.html质控报告文件,确保质控过程正常完成,并且结果符合预期...
fastp 同时支持双端和单端重复率评估。在一个测序深度10000X ctDNA 数据中,FASTQC给出的read1 和read2 的重复率分别是79.99% 和 77.75%,但 fastp 软件给出的双端重复率仅为16.22%。当fastp采用单端模式进行评估时,read1 和read2 的重复率分别为79.23% 和 79.06%,与FASTQC的结果接近,可见采用单端模式进行评估...
fastp质控线程 fastp支持多线程,可以通过-w参数指定并行的线程数。默认情况下,fastp使用单线程进行质控。 设置多线程可以提高质控的速度,但需要注意以下几点: 1.线程数越多,质控速度越快,但也越容易导致内存不足。 2.线程数应根据CPU的核心数和内存大小进行调整。 3.对于小文件,多线程可能没有明显的速度提升。
fastp 是一个用于高效且快速的高通量测序数据质量控制的工具。你提到的命令执行的是对两个 FastQ 文件 ( {i}_2.fq.gz) 进行质量控制,并输出清洗后的数据文件 ( {o}_2.clean.fq.gz)。 CMD栗子 fastp -i "${i}_1.fq.gz" -o "$work_dir/cleandata/${o}_1.clean.fq.gz" -I "${i}_2.fq....
对比Fastp与Trimmomatic，Fastp在运行效率上显著领先，质控结果与Trimmomatic相似，但在序列保留与质量得分上存在差异。对于常规处理，Fastp更佳，而需要更精确质控时，Trimmomatic则更适合。Fastp与Trimmomatic在接头去除、重复序列与序列质量等关键指标上表现相近，Fastp保留更多单一序列，但序列重复比率较高；而...
输入(Pair End)测序序列文件,利用fastp进行QC和质量过滤(包括质量QC统计,Adapter去除,序列trimming,过滤等),生成Clean Reads文件,以及html的报告。 input.json { "fastp.pair_end.adapter_sequence": "", "fastp.pair_end.adapter_sequence_r2": "",
1、软件介绍 2、软件下载及安装 3、软件运行及结果 软件功能特点 1、对数据自动进行全方位质控,生成人性化报告; 2、过滤功能(低质量,短序列,含N碱基超过一定含量…) 3、对每一个序列的头部或尾部,计算滑动窗内质量均值,并将均值较低的子序列进行切除; ...
使用ATACseqQC进行质控 除了测序数据量和质量外,ATAC文库还有一些独有的QC指标,比如以下几个指标 插入片段长度分布图 TSS位点两侧reads分布图 TSS Enrichment score 为了更好的衡量ATAC的文库质量,有很多的软件相继被开发出来,ATACseqQC是应用的较为广泛的一个。该软件是一个R包,存储在bioconductor上,链接...