-u:是否合并,指定是否合并相同序列的重复序列。 -c:是否进行比对,指定是否进行比对操作。 -d:是否输出详细信息,指定是否输出详细的比对结果信息。 其他参数,还包括其他一些参数,如输出格式、输入文件格式等。 具体使用时,需要根据自己的需求和数据特点来选择合适的参数和设置参数值。同时,FastP还支持通过命令行参数和...
2. -u, --unqualified_percent_limit 该参数用于设定允许的最大低质量碱基比例。如果某个序列的低质量碱基比例超过了设定的阈值,那么该序列将被过滤掉。这样可以有效去除质量较差的序列,提高数据的可靠性。 3. -n, --length_required 该参数用于设定序列的最小长度。如果某个序列的长度小于设定的阈值,那么该序列...
fastp -i sample_R1.fastq.gz -I sample_R2.fastq.gz \ -o sample_R1_clean.fastq.gz -O sample_R2_clean.fastq.gz \ -q 20 -u 50 -n 5 -l 50 \ -j sample_report.json -h sample_report.html \ --thread 16 在这个命令中: -i 和-I 分别指定正向和反向读取的输入文件。 -o 和-O ...
gzip压缩格式fastp -i in.R1.fq.gz -I in.R2.fq.gz -o out.R1.fq.gz -O out.R2.fq.gz## 使用案例:fastp -i reads.1.fq.gz -I reads.2.fq.gz -o clean.1.fq.gz -O clean.2.fq.gz -z 4 -q 20 -u 30 -n
fastp是一个快速且多功能的FASTQ文件处理工具,通常用于高通量测序数据的质量控制和预处理。在R语言中,我们可以通过调用系统命令来使用fastp,从而进行数据的清洗和过滤。本文将为你提供详细的步骤和代码示例,以帮助你顺利完成这一过程。 整体流程 在开始之前,让我们首先来看一下使用fastp进行数据处理的整体流程。以下是步...
为了解决这个问题,海普洛斯陈实富博士开发了开源的fastp,因为其速度奇快,功能强大,很快收到了用户们的喜爱。 在2018年9月欧洲计算生物学大会上,陈博士为软件作了介绍,引起了当场热烈的讨论。 论文随后发表在Bioiformatics上,如今已经被引用了2000多次,并且引用数还在以每天5次左右增加。
(int [=15]) -u, --unqualified_percent_limit how many percents of bases are allowed to be unqualified (0~100). Default 40 means 40% (int [=40]) -n, --n_base_limit if one read's number of N base is >n_base_limit, then this read/pair is discarded. Default is 5 (int [=...
fastp duplication rate evaluation filtering merge paired-end reads all options citation features comprehensive quality profiling for both before and after filtering data (quality curves, base contents, KMER, Q20/Q30, GC Ratio, duplication, adapter contents...) ...
After it's processed with command:fastp -i R1.fq -o out.R1.fq -U --umi_loc=read1 --umi_len=8: @NS500713:64:HFKJJBGXY:1:11101:1675:1101:AAAAAAAA 1:N:0:TATAGCCT+GACCCCCA GCTACTTGGAGTACCAATAATAAAGTGAGCCCACCTTCCTGGTACCCAGACATTTCAGGAGGTCGGGAAA + EEE/E/EA/E/AEA6EE//AEE66/AAE...
该功能默认没有启用,需要使用-U参数开启,另外需要使用--umi_loc来指定UMI所在的位置,它可以是(index1、 index2、read1、 read2、 per_index、 per_read )中的一种,分别表示UMI是在index位置上,还是在插入片段中。如果指定了是在插入序列中,还需要使用 --umi_len 参数来指定UMI所占的碱基长度。