-q:质量分数阈值,指定比对的质量分数阈值。 -s:软比对阈值,指定软比对的阈值。 -b:硬比对阈值,指定硬比对的阈值。 -e:错误阈值,指定错误的阈值。 -f:过滤模式,指定过滤模式,包括去除重复、去除低质量等。 -u:是否合并,指定是否合并相同序列的重复序列。 -c:是否进行比对,指定是否进行比对操作。 -d:是否输出...
1、功能多样:能够处理多种多样的过滤前/后fastq数据,能够检测质量曲线、碱基含量、Q20/Q30、GC含量、重复序列、接头等信息。 2、过滤掉不好的序列(低质量、短序列、N含量过高的序列等)3、通过滑窗的平均质量得分过滤掉5'端或3'端的序列4、能够自动识别并切除接头,这样大家就无需输入接头序列文件,这对数据挖掘...
一、写在前面 fastp是一个基于C++用于处理fastq文件的一体化工具。其特点有: 1、功能多样:能够处理多种多样的过滤前/后fastq数据,能够检测质量曲线、碱基含量、Q20/Q30、GC含量、重复序列、接头等信息。 2、过滤掉不好的序列(低质量、短序列、N含量过高的序列等) 3、通过滑窗的平均质量得分过滤掉5'端或3'端...
fastp是一款用于NGS(Next Generation Sequencing)数据预处理的工具,它具有快速、高效和易于使用的特点。在使用fastp进行数据过滤时,我们可以根据需要设置不同的参数,以达到最佳的数据质量。 1. -q, --qualified_quality_phred 该参数用于设定最低的质量阈值。在NGS数据中,每个碱基都会有一个质量分数,表示该碱基的可靠...
-d 输出前缀位数,默认是4,0001,002这种命名,如果设置为3,就是001,002这种; -?输出帮助信息; 六、使用案例: fastp -i reads.1.fq.gz -I reads.2.fq.gz -o clean.1.fq.gz -O clean.2.fq.gz -z 4 -q 20 -u 30 -n 10 -h clean.html --- END ---...
默认情况下,会过滤掉质量较差的序列,-q参数指定碱基质量的阈值,小于该质量的碱基被认为是低质量的碱基,-u参数指定一条序列中允许的低质量碱基的百分比,取值范围从0-100,如果序列中低质量碱基百分比超过了该阈值,这条序列就会被过滤掉;-n参数指定一条序列中最多允许的N碱基的个数,如果超过这个数值,这条序列会被...
-q,--disable_quality_filtering 设置碱基的质量值。默认平均质量值>=Q15是合格的 -u,--unqualified_percent_limit 允许多少百分比的碱基不合格(0~100)。默认40% 或者通过平均质量值过滤数据 -e, --average_qual 如果一条reads的平均质量值小于平均质量值,即将这条reads或paire reads丢弃。默认0 ...
- q:指定最低质量分数。Fastp将过滤掉低于该阈值的碱基。 - l:指定最小读取长度。Fastp将过滤掉长度小于该阈值的读取。 - r:指定包含适配序列的文件。Fastp将自动去除含有适配序列的读取。 - x:指定Adapter序列的最大错误率。Fastp将根据该阈值去除适配序列。 - w:指定线程数。Fastp可以并行处理数据以提高速度。
Quality filtering is enabled by default, but you can disable it by -Q or disable_quality_filtering. Currently it supports filtering by limiting the N base number (-n, --n_base_limit), and the percentage of unqualified bases. To filter reads by its percentage of unqualified bases, two ...
实例演示如下：fastp命令 "-i reads.1.fq.gz -I reads.2.fq.gz -o clean.1.fq.gz -O clean.2.fq.gz -z 4 -q 20 -u 30 -n 10 -h clean.html"，用于对读取文件进行预处理并生成HTML报告。通过fastp，你可以高效地对序列数据进行前期处理，为后续的生物信息分析打下坚实基础。现在，让...