-q:质量分数阈值,指定比对的质量分数阈值。 -s:软比对阈值,指定软比对的阈值。 -b:硬比对阈值,指定硬比对的阈值。 -e:错误阈值,指定错误的阈值。 -f:过滤模式,指定过滤模式,包括去除重复、去除低质量等。 -u:是否合并,指定是否合并相同序列的重复序列。 -c:是否进行比对,指定是否进行比对操作。 -d:是否输出...
fastp是一款用于NGS(Next Generation Sequencing)数据预处理的工具,它具有快速、高效和易于使用的特点。在使用fastp进行数据过滤时,我们可以根据需要设置不同的参数,以达到最佳的数据质量。 1. -q, --qualified_quality_phred 该参数用于设定最低的质量阈值。在NGS数据中,每个碱基都会有一个质量分数,表示该碱基的可靠...
fastp可以对低质量序列,较多N的序列,该功能默认是启用的,但可以使用-Q参数关闭。使用-q参数来指定合格的phred质量值,比如-q 15表示质量值大于等于Q15的即为合格,然后使用-u参数来指定最多可以有多少百分比的质量不合格碱基。比如-q 15 -u 40表示一个read最多只能有40%的碱基的质量值低于Q15,否则会被扔掉。使...
fastp可以对低质量序列,较多N(empty base)的序列进行过滤。该功能默认是启用的,可以使用-Q参数关闭。使用-q参数来指定合格的phred质量值,比如-q 15表示质量值大于等于Q15的即为合格,然后使用-u参数来指定最多可以有多少百分比的质量不合格碱基。比如-q 15 -u 40表示一个read最多只能有40%的碱基的质量值低于Q1...
-d 输出前缀位数,默认是4,0001,002这种命名,如果设置为3,就是001,002这种; -?输出帮助信息; 六、使用案例: fastp -i reads.1.fq.gz -I reads.2.fq.gz -o clean.1.fq.gz -O clean.2.fq.gz -z 4 -q 20 -u 30 -n 10 -h clean.html --- END ---...
默认情况下,会过滤掉质量较差的序列,-q参数指定碱基质量的阈值,小于该质量的碱基被认为是低质量的碱基,-u参数指定一条序列中允许的低质量碱基的百分比,取值范围从0-100,如果序列中低质量碱基百分比超过了该阈值,这条序列就会被过滤掉;-n参数指定一条序列中最多允许的N碱基的个数,如果超过这个数值,这条序列会被...
默认情况下,会过滤掉质量较差的序列,-q参数指定碱基质量的阈值,小于该质量的碱基被认为是低质量的碱基,-u参数指定一条序列中允许的低质量碱基的百分比,取值范围从0-100,如果序列中低质量碱基百分比超过了该阈值,这条序列就会被过滤掉;-n参数指定一条序列中最多允许的N碱基的个数,如果超过这个数值,这条序列会被...
fastp 支持像 Trimmomatic 那样对滑动窗口中的碱基计算平均质量值,然后将不符合的滑窗直接剪裁掉。使用-5 参数开启在 5’端,也就是 read 的开头的剪裁,使用-3 参数开启在 3’端,也就是 read 末尾的剪裁。使用-W 参数指定滑动窗大小,默认是 4,使用-M 参数指定要求的平均质量值,默认是 20,也就是 Q20。
comprehensive quality profiling for both before and after filtering data (quality curves, base contents, KMER, Q20/Q30, GC Ratio, duplication, adapter contents...) filter out bad reads (too low quality, too short, or too many N...) ...
- q:指定最低质量分数。Fastp将过滤掉低于该阈值的碱基。 - l:指定最小读取长度。Fastp将过滤掉长度小于该阈值的读取。 - r:指定包含适配序列的文件。Fastp将自动去除含有适配序列的读取。 - x:指定Adapter序列的最大错误率。Fastp将根据该阈值去除适配序列。 - w:指定线程数。Fastp可以并行处理数据以提高速度。