By default, fastp uses 1/20 reads for sequence counting, and you can change this settings by specifying-Por--overrepresentation_samplingoption. For example, if you set-P 100, only 1/100 reads will be used for counting, and if you set-P 1, all reads will be used but it will be extr...
This library inspired a compression scheme used by Apache Lucene and Apache Lucene.NET (e.g., see http://lucene.apache.org/core/4_6_1/core/org/apache/lucene/util/PForDeltaDocIdSet.html ).It is a java port of the fastpfor C++ library (https://github.com/lemire/FastPFor). There is...
fastp是啥? 它是一个针对FsastQ文件的数据过滤软件,“快”所以取名有fast,这个软件是用C++语言写的,支持多线程。就是rawdata到cleandata的过程需要的一款软件。It can perform quality control, adapter trimming, quality filtering, per-read quality cutting and lots of other operations within a single scan of...
fastp:数据质控 + 过滤 之前都是用 fastqc+trimmomatic进行数据质控和过滤,但是fastp更方便也更快,而且可以一次完成质控过滤和出图。 1. Fastp 软件安装 可以直接用conda安装 conda install fastp 2.使用参数 2.1 快速处理 单端测序single end(SE) fastp -i in.fq -o out.fq 双端测序paired end(PE) fastp -...
fastp A tool designed to provide fast all-in-one preprocessing for FastQ files. This tool is developed in C++ with multithreading supported to afford high performance. features features comprehensive quality profiling for both before and after filtering data (quality curves, base contents, KMER, Q20...
各位做生信的小伙伴都知道,对于下机的FASTQ数据需要进行质控和预处理,以保证下游分析输入的数据都是干净可靠的。通常我们都是使用FASTQC等软件进行质控,使用cutadapt软件去除接头,使用Trimmomatic等软件进行剪裁,然后使用一些自已开发的脚本进行过滤。这一过程可能需要使用多个软件,相当繁琐,而且速度较慢,这些软件大多又不支...
吧友们怎么解决 送TA礼物 来自Android客户端1楼2024-08-06 22:30回复 贴吧用户_Ja7DA65027 核心吧友 7 fastpdf 软件出问题了吧,卸载了重装或者换个PDF软件 4楼2024-08-07 04:00 回复 扫二维码下载贴吧客户端 下载贴吧APP看高清直播、视频! 贴吧页面意见反馈 违规贴吧举报反馈通道 贴吧违规信息处理公...
第一步:下载 miniconda3 wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 第二步:配置执行权限 #7=4+2+1 r=4,w=2,x=1 可读可写可运行 chmod 777 Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #举例:-rw-r--r-- 第一个rw代表自己可读可写,第二个r代表用...
git config --global user.name userName git config --global user.email userEmail 分支2 标签39 贡献代码 同步代码 Shifu Chenset version to 0.23.2254ec783年前 403 次提交 提交取消 提示:由于 Git 不支持空文件夾,创建文件夹后会生成空的 .keep 文件 ...
import p from 'fastp' import { settimeout as sleep } from 'node:timers/promises' const limit = p.limit(2); const result1 = await Promise.all([ limit(() => sleep(300, 'foo')), limit(() => sleep(200, 'bar')), limit(() => sleep(100, 'baz')) ]); console.log(result1)...