对于SE数据,可以-a参数来输入你指定的接头,而对于PE数据则完全没有必要,fastp基于PE数据的overlap分析可以更准确地查找接头,去得更干净,而且对于一些接头本身就有碱基不匹配情况处理得更好。fastp对于接头去除会有一个汇总的报告,如下图所示: image.png 1.3 滑窗质量剪裁 很多时候,一个read的低质量序列都是集中在r...
FastP是一种用于处理全外数据的参数。它是一种基于位置的序列比对算法,适用于大规模基因组测序数据的快速比对。 FastP的参数主要包括以下几种: -i:输入文件,指定输入的测序数据文件。 -o:输出文件,指定输出的比对结果文件。 -r:参考基因组文件,指定用于比对的参考基因组文件。 -t:线程数,指定用于比对的线程数。
具体Github路径如下: https://github.com/OpenGene/fastp fastp软件参数说明如下: image.png SE使用实例: fastp -i BB127_P_1.fq.gz -o BB127_Lib1_Lane1_R1.fastq -A GATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCAC -h BB127_filter.html PE使用实例: fastp -i reads.1.fq.gz -I reads.2.fq.gz -o clean...
ggplot2-箱型图参数细节一览-发现有一些参数我也没用过,等我全部整理完,弄到一个网盘里 淘宝-不会画图请找我 245 0 mac下如何显示隐藏文件?分享以下我知道的两个简单方法,Finder里快捷键command+shift+. terminal里 ll -a 淘宝-不会画图请找我 723 0 ...
FastAPI DELETE请求的参数 更新数据库记录 你将创建一个端点来更新一个用户的详细信息。可以更新的细节包括以下参数:first_name,last_name, 和roles。 在你的models.py文件中,在你的User模型下粘贴以下代码,也就是在User(BaseModel):类: 代码解读 # models.py ...
2~all~first_rank_ecpm_v1~rank_v31_ecpm-1-131733101-0-null-null.142%5Ev88%5Econtrol_2,239%5Ev2%5Einsert_chatgpt&utm_term=%E8%BD%AC%E5%BD%95%E7%BB%84%E4%B9%8B%E8%B4%A8%E9%87%8F%E6%8E%A7%E5%88%B6%E5%8A%A0%E5%BA%8F%E5%88%97%E5%89%AA%E5%88%87%EF%BC%88fastp%...
此次视频分享fastp软件出现「GLIBCXX_3.4.22 not found」解决方法,后期录制fastp软件的应用~, 视频播放量 982、弹幕量 6、点赞数 11、投硬币枚数 2、收藏人数 11、转发人数 7, 视频作者 天马行空的坦克兵, 作者简介 ,相关视频:10_【fastp软件-3】【无声演示】出现 GLIB
Fastp是一个用于快速预处理(质量控制、去除接头等)高通量测序数据的工具。它支持处理Illumina平台产生的数据,可以在命令行中使用。以下是一个简单的Fastp用法示例: fastp -i input.fastq -o output.fastq -h report.html -j report.json 上述命令中,-i参数指定输入的FASTQ文件,-o参数指定输出的FASTQ文件,-h参数...
Want to thank TFD for its existence?Tell a friend about us, add a link to this page, or visitthe webmaster's page for free fun content. Link to this page: Facebook Twitter Acronyms browser? ▲ FAST-CD FAST-I FAST-NET FAST-R