当前主流测序平台的数据存储格式无外乎两种,FASTQ(Illumina, MGI),BAM(Life Ion Torrent,PacBio),对于 BAM 文件,通常也需要先转换成 FASTQ 文件后再进行质控处理。 质控软件非常多,有 FastQC,Cutadapt, Trimomatic 等,通常需要多款软件共同配合使用,这难免过于繁琐,在实际项目中,推荐用fastp[1],根据官网介绍,这是...
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Fixes nf-core/rnaseq#1011 Fix bug in FASTQ_FASTQC_UMITOOLS_FASTP subworkflow 04c0c4a drpatelh requested a review from robsyme May 30, 2023 20:09 Merge branch 'master' into fastp Verified 3f0ef06 robsyme approved these changes May 30, 2023 View reviewed changes Contributor robsyme le...
当前主流测序平台的数据存储格式无外乎两种,FASTQ(Illumina, MGI),BAM(Life Ion Torrent,PacBio),对于 BAM 文件,通常也需要先转换成 FASTQ 文件后再进行质控处理。 质控软件非常多,有 FastQC,Cutadapt, Trimomatic 等,通常需要多款软件共同配合使用,这难免过于繁琐,在实际项目中,推荐用fastp[1],根据官网介绍,这是...