PE数据的碱基校正 fastp通过overlap进行分析,如果找到合适的overlap,当overlap区域的两个错配碱基中,一个碱基质量值较高,一个碱基质量值极低,该软件会将错配的两个碱基进行校正(?将低质量碱基校正为与高质量碱基互补的碱基)。对应的碱基质量值也校正为相同的值。 -c, --correction 对碱基校正,默认不启用该参数;...
下面我们先来看看fastp的具体参数: usage:fastp-i<in1>-o<out1>[-I<in1>-O<out2>][options...]options:# I/O options 即输入输出文件设置-i,--in1 read1 input file name(string)-o,--out1 read1 output file name(string[=])-I,--in2 read2 input file name(string[=])-O,--out2 rea...
fastp默认启用了接头处理,但是可以使用-A命令来关掉。fastp可以自动化地查找接头序列并进行剪裁,也就是说你可以不输入任何的接头序列,fastp全自动搞定了!对于SE数据,你还是可以-a参数来输入你的接头,而对于PE数据则完全没有必要,fastp基于PE数据的overlap分析可以更准确地查找接头,去得更干净,而且对于一些接头本身就有...
首先,命令的语句是“fastp -i 序列文件名”或者“fastp --in1=序列文件名”,看自己喜欢用哪种。 然后fastp --help调出参数: 然后我从NCBI上下载了一个单端测序的数据试了一下,用时714s,代码见图的最下方: image-20220310093250079.png 其他 参考文献:[1] Chen, S. , Zhou, Y. , Chen, Y. , & Jia...