fastqdump：在处理450MB的单端测序SRA文件时，使用gzip模式耗时8m35s；在处理2.6GB的10X测序SRA文件时，使用gzip模式耗时38m23s。fastqdump是单线程工具，处理速度相对较慢。fasterqdump：虽然fasterqdump本身没有–gzip选项，但结合多线程压缩工具pigz可以加快处理速度。
fastq-dump属于老款,按官方说法是目前仍然支持,但将来可能弃用。下面的fasterq-dump是新款。 2、 fasterq-dump 也是sra-tools提供: 参考文章:fasterq-dump使用介绍 使用差不多,参数上多了-e,后面加上想使用的线程数。 示例: fasterq-dump -p -e 24 --split-3 -O ${outdirectory} SRR1234567.sra -p 可以...
默认会将sra格式转换为fastq格式,使用到的工具是fasterq-dump这个工具,试了几次一直遇到报错,所以就将下载格式默认选择为sra 需要制定参数-f sra 想的是后续再单独转成fastq格式 下载完成后转化fastq格式还是有问题,使用fasterq-dump命令有时候可以成功,但是有时候就会卡住,卡住后按ctrl+c命令也不能退出,只能关掉窗口...
[b20223040323@admin1 test02]$time fasterq-dump -e48-p --split-3SRR3156163.sra -O result ## -p显示进度, -O参数指定输出目录, -e线程join :|---100%concat :|---100%spots read :51,332,776reads read :102,665,552reads written :102,665,552real 0m31.166s user 4m37.099s sys 1m7.211s...
默认会将sra格式转换为fastq格式,使用到的工具是fasterq-dump这个工具,试了几次一直遇到报错,所以就将下载格式默认选择为sra 需要制定参数-f sra 想的是后续再单独转成fastq格式 下载完成后转化fastq格式还是有问题,使用fasterq-dump命令有时候可以成功,但是有时候就会卡住,卡住后按ctrl+c命令也不能退出,只能关掉窗口...
默认会将sra格式转换为fastq格式,使用到的工具是fasterq-dump这个工具,试了几次一直遇到报错,所以就将下载格式默认选择为sra 需要制定参数-f sra 想的是后续再单独转成fastq格式 下载完成后转化fastq格式还是有问题,使用fasterq-dump命令有时候可以成功,但是有时候就会卡住,卡住后按ctrl+c命令也不能退出,只能关掉窗口...
sraopt = SRAFasterqDumpOptions; sraopt.FastaOutput = true; tbl2 = srafasterqdump("SRR11846824",sraopt); Alternatively, you can specify the options as name-value arguments instead of using the options object. tbl2 = srafasterqdump("SRR11846824",FastaOutput=true); You can also download the...
从用户模式(user mode)来看, 两者的总CPU使用时间都差不多是560秒,从内核模式来看(Kernel Mode)来看,fasterq-dump花了更多时间在调用底层硬件上,例如分配内存地址。fastq-dump基本上稳定在一个线程,而fasterq-dump尽管指定了20个线程,但平均只用了11.5个线程吧。
I am a new student in bioinformatics and had a problem when I tried to format convert a file of type sralite.1: PS C:\Users\kjhiku\Desktop\sratoolkit.3.0.10-win64> fasterq-dump-O.\newsra C: \ Users \ kjhiku \ Desktop \ sratoolkit 3.0.10 ...
fasterq-dump (PID 38076) quit with error code 3 The error is always reproducible, both on my Mac and on the Cloud Linux boxes. Any ideas what could be wrong? Note that the crash also happens if we simply run: fasterq-dump DRR121635 ...