1. fasta => sam 2. fasta <= sam 1. sam => bam 2. sam <= bam 1. fasta => bam 2. fasta <= bam
BAM文件是SAM文件的压缩形式,SAM文件的内容在BAM文件中被压缩为二进制形式储存,以节约储存空间。其格式实际上和SAM是完全一样的。 BAM文件可以用samtools转换为SAM文件: samtools view file.BAM > file.SAM关于格式的坑我会一点一点填的... UCSC关于各种数据格式的总结: Genome...
一、fasta <=> sam1. fasta => sam# bowtie2比对获得sam文件 bowtie2 -1 *_1.fastq -2 *_2.fastq -p 16 -x prefix -S *.sam 2. fasta <= samcat *.fasta | awk -F"\t" '{print ">"$1"\n"$10}' > *.sam 二、sam <=> bam1. sam => bam# -@:线程 # -b:输出格式为BAM ...
bam2fasta的转变方式: samtools view SL3003_SL3004_100122-hg18.bam | \ awk '{OFS="\t"; print ">"$1"\n"$10}' - > SL3003.fasta sam2fasta的转变方式 cat *.sam | awk '{print ">"$1"\n"$10}' > *.fasta NGS生物信息学fastasambam...
在分析的过程中还会有众多中间文件的生成,如bed、bed12、sam、bam、wig、bigwig、bedgraph等。 文件之间的关系与转换方法: 下面来看一下各种文件的详细介绍: 1.测序数据FASTQ文件 1)文件用途: 测序返回的一般数据格式。通常是压缩文件filename.fq.gz的格式。
bam(sam)2fasta bam(sam)格式文件转化为fasta格式 bam2fasta的转变方式: samtools view SL3003_SL3004_100122-hg18.bam | \ awk '{OFS="\t"; print ">"$1"\n"$10}' - > SL3003.fasta sam2fasta的转变方式: cat *.sam | awk '{print ">"$1"\n"$10}' > *.fasta...
如图,这两张图片描述了各种常见的生物信息文件积极参与了整个生物信息分析过程及其上下游阶段,即从上游文库准备到测序下机,得到fastq文件,随即该文件与相应的参考信息进行序列比对,生成bam/sam文件,或是进行注释,生成gff文件。另外,亦可对处理后的bam文件进行...
Adam学习13之Fasta/Fastq/SAM/BAM文件格式数据读取 package org.bdgenomics.adamLocal.algorithms.test import org.apache.spark.SparkConf import org.apache.spark.SparkContext import org.apache.spark.sql.SQLContext import org.bdgenomics.adam.rdd.ADAMContext...
Pysam是一个用于读取、操作和编写基因组数据集的 python 模块。它是 htslib C-API 的轻量级包装器,提供读取和写入 SAM / BAM / VCF / BCF / BED / GFF / GTF / FASTA / FASTQ 文件以及访问 samtools 和 bcftools 包的命令行功能的工具. 主要功能模块 ...
Linux 文件格式fasta/fastq/gff/gtf fasta pic1 pic1 fastq pic2 pic2 gff pic3,4 pic3 pic4 gtf pic5,6 pic5 pic6 按列隔开 column -t | less -S 不自动换行 pic7 代码语言:txt 复制 less -SN example.gtf | column -t | less -S pic 7...