FANTOM5数据库是一个功能强大的基因组学研究资源,提供了丰富的转录组数据、启动子和增强子注释信息以及多种在线分析工具。通过合理利用FANTOM5数据库,研究人员可以深入探索基因表达调控的机制,揭示复杂的生物过程。希望本文的介绍能够帮助研究人员快速上手并充分利用FANTOM5数据库进行科学研究。 参考文献: FANTOM Consortium ...
FANTOM5:人类增强子数据库 欢迎关注”生信修炼手册”! FANTOM全称如下 Function Annotation Of The Mammalian Genome 是一项国际性的研究项目,创建于2000年,最初的目的是对小鼠全长cDNA序列进行功能注释。随着不断发展,研究的内容在也在转录组学层面不断拓展。 在该项目的第三个阶段,采用了CAGE-seq这一技术手段来准确...
http://slidebase.binf.ku.dk/human_enhancers/ 通过Human Enhancer Selector. 可以对增强子数据进行检索,如下所示 检索结果分成了两个部分,在页面左侧可以看到增强子的基因组位置,可以下载BED和FASTA格式的文件,也可以查询对应的motif分析结果,示意如...
http://slidebase.binf./human_enhancers/ 通过Human Enhancer Selector. 可以对增强子数据进行检索,如下所示 检索结果分成了两个部分,在页面左侧可以看到增强子的基因组位置,可以下载BED和FASTA格式的文件,也可以查询对应的motif分析结果,示意如下 在页面右侧,给出了增强子的表达水平,分成了以下3个层次 cell organ sam...