$ git clone https://github.com/nathanweeks/exonerate.git $ cd exonerate $ git checkout v2.4.0 $ ./configure [YOUR_CONFIGURE_OPTIONS] $ make $ make check $ sudo make install NOTE: do not use theexonerate -c/--coresoption, as the multi-threading code contains data races. Multi-threadin...
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Install npm iexonerate Repository Homepage github.com/sidratul-muntaher/Exonerate#readme Weekly Downloads 2 Version 1.1.0 License MIT Unpacked Size 27.5 kB Total Files 11 Last publish a month ago Collaborators Tryon RunKit Reportmalware
另有一款软件 spaln:https://github.com/ogotoh/spaln,据说很快。但文档比较费解,我懒得摸索,暂时还没用起来。 因此,我的建议是如果你的服务器配置很高,首选gmap多设线程。配置不高或者想快速获得结果情况下,可拆分query序列(蛋白/cDNA/mRNA/EST),进行并行比对,最后进行合并。尤其是tblastn之类的软...
另有一款软件 spaln:https://github.com/ogotoh/spaln,据说很快。但文档比较费解,我懒得摸索,暂时还没用起来。 因此,我的建议是如果你的服务器配置很高,首选gmap多设线程。配置不高或者想快速获得结果情况下,可拆分query序列(蛋白/cDNA/mRNA/EST),进行并行比对,最后进行合并。尤其是tblastn之类的软件,必须这样才行...
另有一款软件 spaln:https://github.com/ogotoh/spaln,据说很快。但文档比较费解,我懒得摸索,暂时还没用起来。 因此,我的建议是如果你的服务器配置很高,首选gmap多设线程。配置不高或者想快速获得结果情况下,可拆分query序列(蛋白/cDNA/mRNA/EST),进行并行比对,最后进行合并。尤其是tblastn之类的软件,必须这样才行...
#下载到服务器 git clone https://github.com/guigolab/geneid #解压 tar -zxvf geneid.tar.gz cd geneid #编译 make #加入环境变量 vim ~/.bashrc #添加这行代码到bashrc文件中 export PATH="/data/cm/software/geneid/bin:$PATH" source ~/.bashrc 1.3 genemark_es v4.69_lic conda install -c th...
JSONSchema -> Elixir code generator. Contribute to E-xyza/Exonerate development by creating an account on GitHub.
另有一款软件 spaln:https://github.com/ogotoh/spaln,据说很快。但文档比较费解,我懒得摸索,暂时还没用起来。 因此,我的建议是如果你的服务器配置很高,首选gmap多设线程。配置不高或者想快速获得结果情况下,可拆分query序列(蛋白/cDNA/mRNA/EST),进行并行比对,最后进行合并。尤其是tblastn之类的软件,必须这样才行...