log2 fold change的计算公式是通过对两组样本的表达水平进行对数变换,然后取两组样本的对数表达水平之差得到的。计算公式如下: log2 fold change = log2(样本1的表达水平) - log2(样本2的表达水平) 其中,样本1和样本2分别表示两组对照条件下的样本,log2表示以2为底的对数运算。 三、log2 fold change的计算...
log2FC 函数 =log(foldchange的那列,2) 图片.png 4)计算p值 新建一列p 函数=T.TEST(BJ2:BL2,BL2:JW2,2,2) 图片.png 注意倒数第二个2是双尾分布,单尾分布的话是1 图片.png 最后一个2是两样本的等方差假设,方差不齐的话是3,配对样本是1 图片.png...
6、 回到原始的read count表格,用每一个数值除以对应样品的sizefactor,得到均一化的表达量 7、 按照分组方式计算平均数,记为basemean(这里为了展示方便保留了两位小数) 自此我们已经得出了A组与B组每个基因的basemean,接下来通过两个basemean相除,我们就可以得到差异倍数foldchange,再通过负二项分布检验,我们就得到了...
log2的计算可以通过公式“=LOG(数值单元格,底数)”计算。 (1)筛选pValue通过Excel的筛选功能,筛选出pValue小于0.05的数据。 (2)自动着色 选中“log2(FC)”这列,点击【开始】--【条件格式】--【突出显示单元格规则】,选择大于,数值选择1,设置为“浅红填充色深红色文本”;同样的操作步骤选择小于,数值选择-1,...
火山图可反映总体基因的表达情况,横坐标代表log2(Fold Change),纵坐标表示-log10(P值),每个点代表一个基因,颜色用以区分基因是否差异表达,图中橙色的点代表差异表达基因,蓝色的点代表没有差异表达的基因。聚类图 聚类图可以衡量样本或基因之间表达的相似性。
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和解 计算,估计,估算 计算机,电脑 comrade conceal concentrate concentration concept concern concerning concert conclude conclusion concrete condemn condense condition conduct conductor conference confess confidence confident confine confirm conflict confuse confusion congratulate congratulation congress conjunction connect ...
完成了前面的归一化、补值后,我们需要进行不同分组数据的分析以便获得差异表达结果。在此,我们采用生物学研究中常用的T-test进行统计检验,并计算差异倍数(Fold change,FC)。 (1)统计检验(t-test) 采用Excel的公式“=TTEST(第一组数值,第二组数值,尾数,类型)”,计算出pValue。本演示数据是2组3重复,所以第一组...
完成了前面的归一化、补值后,我们需要进行不同分组数据的分析以便获得差异表达结果。在此,我们采用生物学研究中常用的T-test进行统计检验,并计算差异倍数(Fold change,FC)。 (1)统计检验(t-test) 采用Excel的公式“=TTEST(第一组数值,第二组数值,尾数,类型)”,计算出pValue。本演示数据是2组3重复,所以第一组...