Estimate socre = Stromal score + Immune score Estimate scores与肿瘤纯度啥关系? ESTIMATE 计算所得 stromal scores、immune scores、Estimate scores 与通过ABSOLUTE算法计算所得Tumour purity之间的相关性分析: 如图可知,ESTIMATE计算所得三种评分均与肿瘤纯度负相关,且综合了基质评分和免疫评分的Estimate scores与肿瘤纯...
s516样本的免疫微环境评分ESTIMATE score与肿瘤纯度Tumor purity的关系图。 两虚线的交点即对应该样本的ESTIMATE score和Tumor purity。 8、代码 ### 安装estimate包 library(utils) rforge <- "http://r-forge.r-project.org"#开发中的包 if(!"estimate" %in% installed.packages()) install.packages("estimate...
(input.ds = "Estimate_gene.gct", # 刚刚转化好的gct文件 output.ds="Estimate_score.gct", # 计算得分输出的文件名 platform="affymetrix") # 数据来源的平台# 读取并整理得分文件scores=read.table("Estimate_score.gct",skip = 2,header = T) #读取rownames(scores)=scores[,1]scores=t(scores[,3...
ds="Estimate_score.gct", # 计算得分输出的文件名 platform="affymetrix") # 数据来源的平台 # 读取并整理得分文件 scores=read.table("Estimate_score.gct",skip = 2,header = T) #读取 rownames(scores)=scores[,1] scores=t(scores[,3:ncol(scores)]) scores #输出文件 write.csv(scores,"scores....
并排序,此过程也叫做Rank标准化与排序,这样可进行特征基因列表与非特征基因列表的经验累积分布计算,两者之差并求和即可得到基质得分(StromalScore)、免疫得分(ImmuneScore)和基质+免疫得分(ESTIMATEScore)。ImmuneScore可作为肿瘤分子分型的一个有用指标,可将ESTIMATEScore输入经验公式 cos(0.6049872018 + 0.0001467884 * x...