1. 安装包 (1) 来自官方 CRAN 的 R 包, 直接使用命令安装,将自动安装依赖包 install.packages("openxlsx") # 包名加引号 1. 若某依赖包已被 CRAN 移除,则会安装失败,需要手动从网上搜索到该包,下载.zip 或.tar.gz 文件到本地,再手动安装: Tools -> Install Packages, 修改 Install from, 然后浏览找到...
git config --global https.proxy ‘socks5://127.0.0.1:1080’ julia的包以xx.jl的方式命名,文件里面用module、end包住。自定义的julia包首先要使用activate命令激活,然后就可以使用import xx或者using导入。当然也可以托管到github上,然后add到本地。 输入julia进入julia PERL,然后输入Pkg.add(“PackageName”)安...
肿瘤微环境中,免疫细胞和基质细胞是两种主要肺肿瘤细胞类型;而ESTIMATE,利用表达谱数据来预测基质细胞和免疫细胞评分,进而预测这两种细胞的含量;最后可以计算每个肿瘤样本里面的肿瘤纯度了,也就是说,基质细胞和免疫细胞含量多,那肿瘤纯度低,反之肿瘤纯度就高了。 第一步estimate R包的安装 library(utils) rforge <- ...
就是说用基质细胞的特征基因集合,和免疫细胞特征的基因集合进行统计,然后评分:Estimate socre = Stromal score + Immune score基质评分,免疫评分越高,预后越好。 R 包安装: library(utils) rforge <- "http://r-forge.r-project.org" install.packages("estimate", repos=rforge, dependencies=TRUE) #将xls格...
1、安装R包 2、读入自己的实验数据(可能对RNA-Seq数据的预测不是很准,芯片数据还可以) ###没有基因名上面个的GeneSymbol可能会出现10412 mismatched的报错信息 3、几行代码就ok 4、结果 OK,到这里就结束了,希望能帮助大家,写这个主要是因为我之前遇到一个小问题,就是出现10412 mismatched的报错信息,然后我在表达...
### 安装estimate包 library(utils) rforge <- "http://r-forge.r-project.org"#开发中的包 if(!"estimate" %in% installed.packages()) install.packages("estimate", repos=rforge, dependencies=TRUE)#装不上的话应该是网络问题 # 加载estimate包 ...
安装estiamte包(安装不上可尝试本地安装) rforge<-"http://r-forge.r-project.org"install.packages("estimate",repos=rforge,dependencies=TRUE)library(estimate) 准备数据:表达谱数据要是txt格式的,csv会报错,因为包内函数默认使用read.table来读取文件 ...
R包安装 安装很简单两步完成: library(utils)rforge <-"http://r-forge.r-project.org"install.packages("estimate", repos=rforge, dependencies=TRUE) 查看帮助文档 library(estimate)help(package="estimate") 对于TCGA中表达数据,有相关计算结果可在该网站查询https://bioinformatics.m...
其实这R包的函数本不多:1# 安装一下2library(utils)3rforge <- "http://r-forge."4install.packages("estimate", repos=rforge, dependencies=TRUE) 在这里我们就不再?estimateScore来一步一步执行示例数据了,虽然对于新手来说这一步往往是不能省略的。实在想看就看技能树的吧:使用ESTIMATE来根据stromal和im...
其实这R包的函数本不多: 代码语言:javascript 复制 # 安装一下library(utils)rforge<-"http://r-forge.r-project.org"install.packages("estimate",repos=rforge,dependencies=TRUE) 在这里我们就不再?estimateScore来一步一步执行示例数据了,虽然对于新手来说这一步往往是不能省略的。实在想看就看技能树的吧...