为了从不同基因型葡萄组织的表达序列标签 ( EST ) 中得到候选单核苷酸多态性 ( SNP) 位点 ,从 NCBI 的 dbEST 数据库中下载来源于 9 个不同葡萄基因型的不同组织 EST 序列42 493条 ,利用 CAP3 软件拼接得到6 126个重叠群 ( contig ) ,将拼接结果导入 QualitySN P 进行 SNP 筛选 ;同时 ,为提高候选 ...
大豆EST-SNP的挖掘、鉴定及其CAPS标记的开发 束永俊李勇吴娜拉胡柏锡才华纪巍朱延明* 东北农业大学生命科学学院, 黑龙江哈尔滨 150030 摘要: 采用生物信息学方法将大豆EST序列联配到大豆基因组序列上, 挖掘到大豆EST-SNP位点537个。对其靶 向基因进行功能注释分析, 发现他们主要参与亚细胞定位、蛋白质结合与催化以及代谢等...
【精品】大豆est-snp的挖掘、鉴定及其caps标记的开发,【精品】大豆est-snp的挖掘、鉴定及其caps标记的开发,snp标记,snp分子标记,caps标记,caps lock,caps lock..
菊花EST-SNP的发掘与特征分析
项较好的技术。目前,桉树遗传图谱构建研究不仅未见EST-SNP应用的报道, 而且也无EST-SNP标记对桉树遗传图谱构建的可行性(如遗传方式和分离比例) 研究。本论文正是在这个背景下进行了对桉树开发信息量丰富、可比性强、重复 性好的EST.SNP标记。这将为桉树群体遗传、分子生物学和其它相关研究提供 ...
Detection and Characteristic Analysis EST-SNP in Chrysanthemum%菊花EST-SNP的发掘与特征分析菊花单核苷酸多态性分子标记下载GenBank数据库中已公布的菊花EST序列7 087条,利用GS De nove Assembler软件进行叠连群构建,EST序列构建275个叠连群,长度共计142 713 bp,发现候选SNP位点214个,SNP平均出现频率为0.15%,共有...
非标记探针HRM法在中国对虾EST-SNP筛选中的应用
利用EST数据库开发SNP是筛选SNP标记的重要途径.本研究利用EST数据库开发紫贻贝的SNP标记,利用QualitySNP软件对紫贻贝已有的19 709条EST序列中含有4条以上同源序列的重叠群进行分析,在含有4条以上同源序列的963个重叠群中,筛选得到候选SNP位点4 833个,SNP的平均频率为129.1 bp,其中C/T和A/G突变较多,分别占总数的28....
含有的 SNP 位点数最多的是 40 个,40.39%的 contigs 只含有 1 个 SNP 位点;不同叠连 群所含 SNP 位点的数量差异较大,且转换类型明显高于颠换类型;Contigs 的总长 度是 142 713 bp,平均 666.9 bp 含有 1 个 SNP 位点.另外,还应用 Primer Premier 5.0,按照引物设计要求,共设计出 1 322 对 EST-SNP ...
栉孔扇贝(Chlamys farreri)EST-SNP的开发及其应用 利用该技术体系,首次进行了大规模EST-SNP标记的开发,从栉孔扇贝5630个候选SNP位点中,成功筛选出1696个多态性SNP标记,并利用青岛群体对其进行了评价,次要等位基因频率... 李纪勤 - 中国海洋大学 被引量: 10发表: 2012年 一种栉孔扇贝丝氨酸蛋白酶基因的染色体定位...