2021年,在FAIR工作的Meier和团队发表了一篇重要论文,创建了第一个Transformer架构的蛋白质语言模型ESM-1b,目前引用量已经达到1800+。 作者列表中,还有不少熟悉的名字,包括当时还在哈佛的Pika创始人郭文景(Demi Guo),以及FAIR曾经的ESM团队成员Alexander Rives、Zeming Lin、Tom Sercu和Jason Liu。 根据LinkedIn信息,ESM...
2021年,在FAIR工作的Meier和团队发表了一篇重要论文,创建了第一个Transformer架构的蛋白质语言模型ESM-1b,目前引用量已经达到1800+。 论文地址:https://www.pnas.org/doi/full/10.1073/pnas.2016239118 作者列表中,还有不少熟悉的名字,包括当时还在哈佛的Pika创始人郭文景(Demi Guo),以及FAIR曾经的ESM团队成员Alexander...
2021年,在FAIR工作的Meier和团队发表了一篇重要论文,创建了第一个Transformer架构的蛋白质语言模型ESM-1b,目前引用量已经达到1800+。 论文地址:https://www.pnas.org/doi/full/10.1073/pnas.2016239118 作者列表中,还有不少熟悉的名字,包括当时还在哈佛的Pika创始人郭文景(Demi Guo),以及FAIR曾经的ESM团队成员Alexander...
(1) Scaling lawfor protein 在esm-1b上,我们可以看到,随着模型训练loss的降低,模型的二级结构预测性能和contact map 的precision都在逐渐上升。 2. Core ideas behindESM3 ESM3的一作小哥Tom Hayes总结了ESM3背后的核心思想: 这里着重强调3: 合成数据避免对小数据集的过拟合。4: 早期进行多模态融合。5. 架构...
ESM All-Atom，多尺度的蛋白质语言模型基座 图 1：ESM-AA 模型的整体架构 RoseTTAFold All-Atom 和 AlphaFold3 对多尺度概念的成功应用启发了一个重要思考，即：作为蛋白质基座模型的蛋白语言模型应如何采纳多尺度技术。基于此，该团队提出了多尺度蛋白质语言模型 ESM All-Atom（ESM-AA）。简要来说，ESM-AA 通过...
图1:ESM-AA 模型的整体架构 RoseTTAFold All-Atom 和 AlphaFold3 对多尺度概念的成功应用启发了一个重要思考,即:作为蛋白质基座模型的蛋白语言模型应如何采纳多尺度技术。基于此,该团队提出了多尺度蛋白质语言模型 ESM All-Atom(ESM-AA)。 简要来说,ESM-AA 通过将部分氨基酸「展开」(Unzip)为对应的原子组成引入...
图1:ESM-AA 模型的整体架构 RoseTTAFold All-Atom 和 AlphaFold3 对多尺度概念的成功应用启发了一个重要思考,即:作为蛋白质基座模型的蛋白语言模型应如何采纳多尺度技术。基于此,该团队提出了多尺度蛋白质语言模型 ESM All-Atom(ESM-AA)。 简要来说,ESM-AA 通过将部分氨基酸「展开」(Unzip)为对应的原子组成引入...
图9:(a)石墨烯晶格中的氮/硼示意图;(b)在500°C下以锂金属为对电极的Ragone图。 最近的重大挑战之一是克服可充电器件的短路和爆炸。由于在室温下约5000 W mK-1的高固有热导率,发现单层石墨烯非常有用。Blandin团队将单层石墨烯引入实际...
AlphaFold2的架构分为两个主要部分,即Evoformer和结构模块。结构模块将最终的表征处理成用于原子级结构预测的三维坐标,不需要做任何改变就可以与ESM-2一起使用。然而,Evoformer建立了单独的MSA和残基对嵌入空间。为了使Evoformer块适应语言模型的特征,ESMFold做的主要改变是消除其对MSA的依赖。由于MSA是二维的,Evoformer...
1 ESM详细设计 一、总则: 详细设计是在架构的基础上对概要设计的细化,即对架构中的类的详细描述,产生设计模型, 它可以直接指导编码。 详细设计主要表达: 各个类的存放路径; 静态的设计类图; 对各个类的详细描述,包括:属性和方法的说明,关键方法的实现伪代码; 各用例的操作顺序、系统执行顺序的描述; 配置文件的描...