第一种方法慎用,因为有很大一部分基因无法转换。尽量用第二张方法。当然第二种也有一些基因id无法转换,但比例要比第一种小得多,后面分析时可将这部分基因过滤掉。 参考:R中如何将ENSEMBL ID转换成Gene ID(ENTREZID)或者Symbol - 简书 (jianshu.com) 编辑于 2025-04-01 15:14・广东 R 赞同2添...
基因entrez ID转换 Gene Symbol 名字 R语言 setwd("/share/nas1/huangls/test/hypertension") library(org.Hs.eg.db) library(annotate) df=read.table("GPL19109.soft.1",header = T,sep = "\t",stringsAsFactors = F) df=df[!is.na(df$ENTREZ_GENE_ID),] name=getSYMBOL(as.character(df$ENTREZ_...
1. 根据NCBI gene ENTREZID查询基因注释 # 可通过"1,10,100,1000"输入,一次查询多个基因,逗号分割即可 Rscript geneQuery.R "1,10,100,1000" "ENTREZID" "/gene_annoation" 2. 根据gene symbol查询基因注释 # 多个gene symbol使用逗号分割 Rscript geneQuery.R "TP53,HBA" "SYMBOL" "/gene_annoation" ...
table("VanAllen.self_subtract", sep = "\t", header = T) dt$geneid <- rownames(dt) # transform id map_dt <- bitr(dt$geneid, fromType = "ENTREZID",toType = c( "SYMBOL"),OrgDb = org.Hs.eg.db) dt_merge <- merge(map_dt,dt, by.y = "geneid", by.x = "ENTREZID") ...
#ID转换,把gene_symbol转换成ENTREZID。 SYMBOL2ENTREZID<- bitr(genes_list, fromType ="SYMBOL",toType ="ENTREZID",OrgDb ="org.Hs.eg.db",drop =T)## 由symbol转换为ENTRZIDclass(SYMBOL2ENTREZID) dim(SYMBOL2ENTREZID) enrich_result<- enrichGO(gene =SYMBOL2ENTREZID$ENTREZID,## 富集分析org...
检查并返回转换结果: R print(dat) 这两种方法都可以有效地将Entrez ID转换为基因Symbol,你可以根据自己的需求和喜好选择其中一种方法。记得在使用这些方法之前,确保已经正确安装了所需的R包,并且已经加载了对应的注释数据库(如org.Hs.eg.db)。
ID转换，ENTREZID是进行GO分析最好的ID类型（针对clusterProfiler） ID转换用到的是bitr()函数，bitr()的使用方法：---I am a line
方法三：采用bitr函数。在将EntrezID转换为Symbol时，此方法产生的是数据框，与前两种方法得到的向量不同。同时，此方法也支持Symbol转EntrezID的转换。最终结果：通过方法二，得到带有行名的一列基因Symbol数据；通过方法三，获得包括两列数据的输出，一列EntrezID，一列Symbol。“无知小生”公众号提供了...
对于生信工作人员或者熟悉R语言的使用者来说,使用R包进行基因/蛋白质和代谢物的ID转换是首选。 2.1R语言进行基因ID转换 2.1.1 AnnotationDbi包的mapIds函数 library(AnnotationDbi) # mapIds函数基本用法 mapIds(x, keys, column, keytype, ..., multiVals) ...
gene_symbol <- bitr(g_list, #需要转换的基因ID fromType = "ENTREZID", #需要转换的类型 toType = c("SYMBOL"), #需要转换为的类型 OrgDb = org.Hs.eg.db) #注释包 这个结果是数据框,不像前两个是向量 head(gene_symbol) ENTREZID SYMBOL ...