下载完之后,将GTF拷贝到R语言工作环境biocLite("rtracklayer")library("rtracklayer")myGTF <- "Your_download_GTF_name.gtf"newGTF <- import(myGTF)a<-cbind(newGTFgenetype)colnames(a)<−c("geneid","genename","genetype")resGTF那里你可以DIY,比如有专门的lncRNA的注释文件等等merge之后会用重复,...
library('rtracklayer') myGTF <- 'Your_download_GTF_name.gtf' newGTF <- import(myGTF) a<-cbind(newGTF$gene_id,newGTF$gene_name,newGTF$gene_type) colnames(a)<-c('geneid','genename','genetype') res$geneid<-rownames(res) res_S<-merge(a,res,by='geneid') index<-duplicated(r...
symbols<-getBM(attributes=c('ensembl_gene_id','external_gene_name'),filters='ensembl_gene_id',values=RNA_seq$Gene_ID,mart=data2) 也可以加入染色体位置等信息: symbols<-getBM(attributes=c('ensembl_gene_id','external_gene_name','chromosome_name','start_position','end_position','band'),filt...
library('rtracklayer') myGTF <- 'Your_download_GTF_name.gtf' newGTF <- import(myGTF) a<-cbind(newGTF$gene_id,newGTF$gene_name,newGTF$gene_type) colnames(a)<-c('geneid','genename','genetype') res$geneid<-rownames(res) res_S<-merge(a,res,by='geneid') index<-duplicated(r...
toType为输出ID的类别,这里选择"SYMBOL"(如:Hoxc13),"ENSEMBL"(如:ENSMUST00000001700),"ENTREZID"(如:15422)。 fromType和toType都可以选择其他Type,如 ACCNUM, ALIAS, ENSEMBL, ENSEMBLPROT, ENSEMBLTRANS, ENTREZID, ENZYME, EVIDENCE, EVIDENCEALL, GENENAME, GO, GOALL, IPI, MGI, ONTOLOGY, ONTOLOGYALL...
基因名(Gene Symbol),倍数(log2FlodChange),p值(padj),在右上那几个列名中分别填写自己表格中各列的名字。 二、如果geneID是ENSG,内置注释功能,点选Need Annotation输入ENSG列名。 1.3更新内容: 去掉了ployly渲染,那个渲染交互真的很好。但是有两个缺点一个是不能输出矢量pdf图,另外一个就是太卡了。所以站长舍...
"ENSG00000001630") # 采用bitr 命令进行ID的转换 > gene_ids <- bitr(test_id, fromType="ENSEMBL", toType=c("SYMBOL", "GENENAME"), OrgDb="org.Hs.eg.db") 'select()' returned 1:1 mapping between keys and columns # 查看转换的结果 > gene_ids ENSEMBL SYMBOL GENENAME 1 ENSG00000000971...